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本研究利用生物信息学手段,通过比对沙门氏菌及其他原核生物的基因组序列,发掘出361段沙门氏菌特异性片段作为候选分子检测靶点。从这些序列中随机挑选出30个序列片段,设计普通PCR引物,并用58株沙门氏菌菌株和22株非沙门氏菌菌株对每对引物的检测特异性进行评价,筛选出15对特异性较好的引物。经进一步灵敏度评价,得到6对检测灵敏度较好的引物,分别为:c1(36.5 fg/PCR,500 cfu/ mL);c3(36.5 fg/PCR,500 cfu/ mL);c20(36.5 fg/PCR,500 cfu/ mL);c23(36.5 fg/PCR,5×104 cfu/ mL);c24(36.5 fg/PCR,500 cfu/ mL)和plc(36.5 fg/PCR,500 cfu/ mL)。用鼠伤寒沙门氏菌(ATCC 14028)人为污染牛奶样品后,用建立好的普通PCR方法进行检测验证,当初始接种菌量为8 cfu/25g牛奶时,引物c3,c20,c24和plc均能在增菌6-8小时内检出阳性结果;而严重污染的牛奶样品(>104 cfu/25 g牛奶)则只需增菌2-4小时即可检出沙门氏菌。在普通PCR方法的基础上,挑选出一段特异性较好的沙门氏菌基因组片段,设计出MGB-TaqMan探针p4以及相应的引物。同时,利用DNA随机重组技术构建扩增内标探针,合成单链寡核苷酸直接作为内标模板,以指示由PCR抑制剂等因素引起的假阴性结果,建立沙门氏菌实时荧光PCR检测方法,并对其特异性、灵敏度、抗干扰性以及在食品样品中的实际检测能力进行评价。经40株沙门氏菌和24株非沙门氏菌检测验证,荧光定量PCR具有良好的特异性,以肠炎沙门氏菌(CDC H3526)基因组DNA作为模板,检测灵敏度达到18.6 fg/PCR;以鼠伤寒沙门氏菌(CDC G7601)基因组DNA作模版,PCR反应检测灵敏度为40.2 fg/PCR。在鸡肉样品中自然存在背景菌群的干扰下,PCR检测限为130 cfu/mL,且PCR定量结果与实际接入的沙门氏菌量处于相同或相近水平。用所建立的荧光定量PCR方法检测人工污染至鸡肉样品中的沙门氏菌,当污染量低至5 cfu/10 g样品时,经6小时非选择性增菌后,检验结果与标准方法符合率为23/24(95.8%);人工污染液体鸡蛋样品,初始接种量低至1 cfu/10 g样品时,检出率为100%,并与标准检测方法结果吻合;荧光定量PCR方法对人工污染沙门氏菌的花生酱样品检出率为26/27(96.3%),与标准方法符合率为35/36(97.2%),检测限低至3 cfu/ 10g样品。