密码子水平的进化依然是当今的热点问题之一,因此探讨基因组中密码子的使用模式以及影响这种模式形成的各种因素,将有助于了解基因组特征和分子进化历史事件。显然,两个紧邻的密码子或紧邻的三联体,即密码对或三联体对中的碱基信息,也应能体现生物的进化信息。为探寻基因组中编码序列和基因间序列与氨基酸序列在生物进化上的差异,以密码对和三联体对中二核苷酸的使用频率为指标,具体研究结果如下：以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间短程关联和长程关联作用,得到编码序列密码对和基因间序列三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系图。无论是基于编码序列还是基因间序列的信息进行聚类,古菌或真核均被聚在-个支上,表明聚类参数的选择是合适的；与用氨基酸序列构建的系统发生关系两两比较,发现大部分硬壁菌其编码序列与基因间序列之间以及它们与氨基酸序列之间的进化存在较大差异。认为将这三类序列的进化信息综合考虑,才可能得到更自然的系统发生关系。