近年来我国审计结果公告暴露和反映的各种腐败与违规问题，矛头均指向政府部门财务管理薄弱和政府部门内部控制不完善。实践证明，健全有效的内部控制是政府部门切实加强组织内部管理的重要举措。相对企业和美国等发达国家的政府而言，我国政府部门的内部控制研究较为滞后，目前尚未形成较清晰的理论体系。如何建立和完善政府部门内部控制已成为当前理论研究需要高度重视和亟待解决的问题。因此，本文尝试从全新的组织经济学视角来研究政府部门内部控制，以期对加强我国政府部门内部控制建设、最终推动政府治理改革有所裨益。　　本文认为，政府部门可以视为一种经济组织。组织经济学是研究在价格机制之外如何配置资源的理论，以有限理性和机会主义为前提假设，以组织理论、制度理论和信息理论为研究方法和分析工具，其主要研究对象是组织，包括企业与非营利组织等。组织经济学理论为政府部门内部控制提供了全新的研究视角。政府部门的经济性质与组织特征，决定了在政府部门建设内部控制的必要性;而内部控制的功能、作用以及当前政府部门的现实需求则进一步证实了政府部门内部控制建设的重要性。首先，目标是行为的导向，内部控制是一种过程控制机制，明确的目标设置是确保内部控制机制有效的前提。本文提出公共资源配置优化与政府价值实现是政府部门内部控制目标设置的导向，并认为政府部门内部控制目标设置应注重层级性:治理层与管理层。其次，政府部门内部控制框架包括了两个层次、五大要素，即基础层和功能层，包含控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通和监督。政府部门内部控制框架中，控制环境是基础，信息是本原。本文在遵循权威理论的基础上，探索性地以信息作为要素构建的载体，并逐一研究政府部门内部控制框架的五大要素。最后，根据政府部门内部控制的相关理论分析及我国当前的实际需求，本文建议，政府部门内部控制体系的建设可以从以下几方面着手进行:一要明确相关的概念、主体及目标定位;二要完善政府部门内部控制的制度规范和控制环境;三要健全政府部门的风险管理系统，并契合当前电子政务要求再造政府部门的业务处理流程，其中重点是关注关键控制环节和关键控制点的确定;四要加强政府部门内部控制的实施机制建设，关键是内部控制的激励约束机制和监督评价机制。