世界各法治国家的经验以及我国查办国家工作人员职务犯罪案件的实践表明,要及时有效地发现和惩治职务犯罪,必须具有适应职务犯罪智能型、高隐秘型等特性的侦查机制。我国现行的职务犯罪侦查机制还存在一些问题,制约了我国检察机关及时发现和侦破职务犯罪的效能,影响了我国反腐败的力度。要深入推进惩治职务犯罪工作,就要不断完善职务犯罪侦查机制。职务犯罪侦查机制的完善是一个复杂的系统工程,受到各国的宪政体制、历史传统和法律文化等多种因素的影响,没有单一的、绝对化的模式。不同类型的职务犯罪侦查工作机制各有特点,没有优劣之分。在英美法系国家,除了警察机关行使一定的职务犯罪侦查职能外,英国的严重欺诈侦查局和美国的检察机关也对职务犯罪进行侦查,并且享有比警察机关更多的权力。在大陆法系国家,一般由检察官独立或者指挥警察对职务犯罪进行侦查。两大法系国家的职务犯罪侦查机制虽然各有特点,但从发展趋势来看,也日益呈现出相互融合、互相借鉴的趋势。我国现行的职务犯罪侦查机制存在着侦查机构和人员独立性不强,侦查职能配置不合理导致侦查力量分散,案件线索管理与侦查部门分离,线索管理运行不科学,效率低下,初查程序法律地位不清,初查程序不规范,侦查检察官办案模式不成熟,侦查、指挥协调机制不完善等问题。笔者根据职务犯罪侦查机制存在的缺陷和问题,在比较分析其他国家和地区职务犯罪侦查机制的特点和基本内容的基础上,提出了改革完善我国职务犯罪侦查机制的主要目标、措施和具体思路,并对每个具体机制的改革完善分别进行了阐述。如：关于保障侦查机关和侦查人员独立办案问题,笔者认为应当整合侦查资源,赋予职务犯罪侦查机关和侦查人员更大的独立性：关于案件线索的管理运行问题,笔者认为应当将线索交由侦查部门直管,建立科学、高效的线索管理和利用机制；关于职务犯罪侦查、指挥机制问题,笔者认为应当建立上下一体、指挥有力、协调高效的侦查、指挥一体化机制等。此外,本文还对规范初查行为,进行初查模式与机制的创新；合理配置侦查职能,完善侦查检察官办案模式等进行了阐述,提出了具体的具有理论、实践基础和可操作性的改革设想。