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基因定位是统计遗传学研究的最重要领域之一.它的最重要的一个方法就是通过检验染色体上标记位点与感兴趣的性状位点之间的连锁程度，估计两者之间的遗传距离，这便是连锁分析.重组率的估计是连锁分析方法最核心的内容.事实上，借助图谱函数，可以实现重组率和遗传距离之间的相互转化.因此，精确估计重组率，对基因定位的研究来说十分必要.然而，目前的研究方法大多忽略了重组率应当满足的一些自然且必要的约束，这对精确地估计重组率带来了一定影响.在本文中，我们将在充分考虑这些约束条件下，针对F2代群体的遗传学数据，首先考虑父母相型已知产生一个后代的情形时重组率的估计方法，然后进一步讨论父母相型未知产生两个后代情形时重组率的估计问题，最后通过模拟数据来验证新方法.