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细胞色素P450(CYP)酶是一个含血红素的单加氧酶超家族，能够催化外源性物质和内源性物质的氧化。CYPs在哺乳动物中的研究比较充分，尤其是在人类(Homo sapiens)中。研究发现，CYPs中有12个功能CYP基因与70～80%常用药物的代谢密切相关，CYP2D6是其中一个功能基因，它是CYP2D亚家族基因的一员。目前，对CYP2D亚家族基因的研究主要集中在灵长类动物中。灵长目(Primates)为哺乳纲(Mammalia)下的一个目，主要分布在亚洲、非洲和美洲温暖地带。灵长类动物的栖息地受动物自身的特性、生境、觅食难度和捕食风险等多种因素制约，其中觅食难度是较为重要的因素。觅食难度对动物选择栖息地的影响较大，不同的栖息地所拥有的食物资源不同，导致灵长类动物的食物组成有差异，从而使它们的食性存在差异。在进化的过程中，植物为了避免被动物取食，可以通过产生具有一定气味或毒性的次生代谢产物(Secondary metabolites)来进行化学防御；而在生存压力下，动物会针对植物的防御机制采取相应措施，例如人类CYP2D6酶可以对生物碱进行解毒。
本文对5种灵长类动物的CYP2D亚家族基因进行扩增，它们分别是白头叶猴(Trachypithecus leucocephalus)、黑叶猴(Trachypithecus francoisi)、白臀叶猴(Pygathrix nemaeus)、猕猴(Macaca mulatta)和熊猴(Macaca assamensis)。与此同时，运用生物信息学方法获得了35种灵长类动物（包括白臀叶猴、黑叶猴和猕猴）的CYP2D亚家族基因。利用EditPlus3、Clustalx、Paml4.7、Mega6.0和BioEdit等软件，对获得的完整CYP2D亚家族基因的碱基组成、序列长度、同源性、系统发育和选择压力等进行分析，研究结果表明：
(1)5种灵长类动物的CYP2D总基因数目一致，但完整基因数和假基因数不完全一致；完整基因的序列长度比较稳定，都是1494bp。
(2)结合实验得到的和通过查找得到的CYP2D亚家族基因，在37种灵长类动物中总共获得84个CYP2D亚家族基因，其中完整基因41个，部分基因14个，假基因29个。
(3)从总体上看，不同物种同一基因的碱基组成比例相差不大，同一物种不同基因的碱基组成比例相差也不大。总的来说，完整CYP2D亚家族基因的碱基（腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)）组成都是C的含量最多，A的含量最少，C+G的含量远远大于A+T的含量。
(4)同源性比对发现，灵长类CYP2D6和CYP2D8基因核苷酸相似度最高的都是白头叶猴和黑叶猴（白头叶猴和黑叶猴CYP2D6相似度为99.53%，而两者CYP2D8的相似度为100%）；CYP2D8基因氨基酸相似度最高的是白头叶猴和黑叶猴(100%)；CYP2D6基因氨基酸相似度最高的是狮尾狒狒(Theropithecus gelada)和东非狒狒(Papio anubis)，为99.60%。
(5)由CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因分别构建的基因树与物种树大体一致，属内种间存在差异。
(6)使用系统发育独立对照分析的方法对食性与CYP2D的完整基因数或总基因数进行分析，发现食性与CYP2D的完整基因数或总基因数都不相关。
(7)不同食性的灵长类动物CYP2D的完整基因数均值没有显著差异(p=0.21)，而不同食性的灵长类动物CYP2D的总基因数均值具有显著差异(p=0.00)，意味着在灵长类动物中肉食性动物、杂食性动物和植食性动物的CYP2D总基因数均值差异具有统计学意义。
(8)CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因在整体上均呈纯化选择。在位点模型中，CYP2D6和所有完整CYP2D亚家族基因的M2a和M8模型均优于M1a、M7和M8a模型，在M2a和M8模型中均有正选择位点。在CYP2D8中，M8模型优于M7和M8a模型，且存在正选择位点，但是在M2a中没有正选择位点。
(9)在整体上，植食性动物、肉食性动物和杂食性动物的完整CYP2D亚家族基因均呈纯化选择，与M0(ω=1)模型比较有显著差异（p值分别为6.40E-83、1.15E-71和3.81E-41）。在位点模型中，植食性动物和杂食性动物的完整CYP2D亚家族基因在M2a和M8模型中都有正选择位点，且M8模型的正选择位点数比M2a的多。肉食性动物的完整CYP2D亚家族基因在M2a和M8模型中都没有正选择位点。
(10)CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因（包括CYP2D6、CYP2D8和其它完整CYP2D亚家族基因）的外显子都呈纯化选择，与M0(ω=1)模型比较有显著差异（CYP2D8的exon5除外）。
本文对5种灵长类动物的CYP2D亚家族基因进行扩增，它们分别是白头叶猴(Trachypithecus leucocephalus)、黑叶猴(Trachypithecus francoisi)、白臀叶猴(Pygathrix nemaeus)、猕猴(Macaca mulatta)和熊猴(Macaca assamensis)。与此同时，运用生物信息学方法获得了35种灵长类动物（包括白臀叶猴、黑叶猴和猕猴）的CYP2D亚家族基因。利用EditPlus3、Clustalx、Paml4.7、Mega6.0和BioEdit等软件，对获得的完整CYP2D亚家族基因的碱基组成、序列长度、同源性、系统发育和选择压力等进行分析，研究结果表明：
(1)5种灵长类动物的CYP2D总基因数目一致，但完整基因数和假基因数不完全一致；完整基因的序列长度比较稳定，都是1494bp。
(2)结合实验得到的和通过查找得到的CYP2D亚家族基因，在37种灵长类动物中总共获得84个CYP2D亚家族基因，其中完整基因41个，部分基因14个，假基因29个。
(3)从总体上看，不同物种同一基因的碱基组成比例相差不大，同一物种不同基因的碱基组成比例相差也不大。总的来说，完整CYP2D亚家族基因的碱基（腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)）组成都是C的含量最多，A的含量最少，C+G的含量远远大于A+T的含量。
(4)同源性比对发现，灵长类CYP2D6和CYP2D8基因核苷酸相似度最高的都是白头叶猴和黑叶猴（白头叶猴和黑叶猴CYP2D6相似度为99.53%，而两者CYP2D8的相似度为100%）；CYP2D8基因氨基酸相似度最高的是白头叶猴和黑叶猴(100%)；CYP2D6基因氨基酸相似度最高的是狮尾狒狒(Theropithecus gelada)和东非狒狒(Papio anubis)，为99.60%。
(5)由CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因分别构建的基因树与物种树大体一致，属内种间存在差异。
(6)使用系统发育独立对照分析的方法对食性与CYP2D的完整基因数或总基因数进行分析，发现食性与CYP2D的完整基因数或总基因数都不相关。
(7)不同食性的灵长类动物CYP2D的完整基因数均值没有显著差异(p=0.21)，而不同食性的灵长类动物CYP2D的总基因数均值具有显著差异(p=0.00)，意味着在灵长类动物中肉食性动物、杂食性动物和植食性动物的CYP2D总基因数均值差异具有统计学意义。
(8)CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因在整体上均呈纯化选择。在位点模型中，CYP2D6和所有完整CYP2D亚家族基因的M2a和M8模型均优于M1a、M7和M8a模型，在M2a和M8模型中均有正选择位点。在CYP2D8中，M8模型优于M7和M8a模型，且存在正选择位点，但是在M2a中没有正选择位点。
(9)在整体上，植食性动物、肉食性动物和杂食性动物的完整CYP2D亚家族基因均呈纯化选择，与M0(ω=1)模型比较有显著差异（p值分别为6.40E-83、1.15E-71和3.81E-41）。在位点模型中，植食性动物和杂食性动物的完整CYP2D亚家族基因在M2a和M8模型中都有正选择位点，且M8模型的正选择位点数比M2a的多。肉食性动物的完整CYP2D亚家族基因在M2a和M8模型中都没有正选择位点。
(10)CYP2D6、CYP2D8和所有完整CYP2D亚家族基因（包括CYP2D6、CYP2D8和其它完整CYP2D亚家族基因）的外显子都呈纯化选择，与M0(ω=1)模型比较有显著差异（CYP2D8的exon5除外）。