小麦的原始遗传资源在从其野生祖先驯化和进化到现代栽培小麦的过程中遭受了较大的侵蚀。普通小麦的遗传变异日益狭窄,严重限制了突破性小麦新品种的培育。通过远缘杂交能够将小麦的野生近缘种中的优异基因导入到普通小麦中,从而拓宽其遗传基础。本研究通过对父本野生二粒小麦D1、D97,母本普通小麦品种川农16（CN16）,及其远缘杂交获得的高世代(F11)株系材料进行荧光原位杂交（FISH）和55K SNP芯片分析,得到主要实验结果如下:1.利用寡核苷酸探针Oligo-p Sc119.2-1与Oligo-p Ta535-1组合以及Oligo-713与Oligo-p Ta-71组合对野生二粒小麦进行荧光原位杂交,建立了清晰的野生二粒小麦D1与D97的核型图。2.通过多探针荧光原位杂交发现,野生二粒小麦D1、D97不仅与普通小麦CN16的A、B染色体组核型存在差异,而且D1与D97的核型也存在差异。通过随机抽取来自野生二粒小麦D1和D97与CN16的杂种后代株系31份进行FISH分析,结果证明部分杂交后代中有效地整合了野生二粒小麦的染色体片段。3.通过55K SNP芯片分析,发现野生二粒小麦D1、D97之间的SNPs差异相对较小,每条染色体的差异均在20%以内。野生二粒小麦D1、D97与川农16的A、B染色体组之间的SNPs差异达40%以上,且B染色体组的差异大于A染色体组,表明野生二粒小麦的A、B染色体组不能简单地等同于普通小麦的A、B染色体组。通过随机抽取野生二粒小麦D1、D97和CN16的杂种后代株系31份进行SNP分析发现,杂交后代中均渗入了野生二粒小麦的染色体片段。其中,D1与CN16的杂交后代中渗入的D1染色体片段平均达A、B染色体组的22.18%,D97与CN16的杂交后代中渗入的D97染色体片段平均达A、B染色体组的23.02%。揭示了通过远缘杂交的方式能有效地将野生二粒小麦的遗传物质导入到普通小麦中,且野生二粒小麦与普通小麦的染色体间能发生丰富的遗传重组。4.野生二粒小麦的某些染色体片段传递到了所有的杂交后代中,在D1的杂交后代中检测到6个D1的染色体片段传递到所有杂交后代中,在D97的后代中有22个D97染色体片段传递到了所有杂交后代中。推测可能是在D1和D97的杂交后代的选育种过程中存在着选择牵连效应。