《神奇秘谱》是现存最早的刊印琴曲减字谱的谱集,是研究明和明以前古琴艺术的重要资料。本文先通过史料研究,对《神奇秘谱》的成书缘起进行了考辨,并对其中的64首琴曲按照其解题进行了新的分类,通过朱权在解题中所反映出的思想倾向,我们可以清晰地发现《神奇秘谱》绝不仅仅是一部琴曲的集大成者,它同时也寄托了朱权的身世之悲和追求出世的理想。通过这个梳理,我们对《神奇秘谱》的内容和思想有了一个新的理解。然后通过律学理论对古琴的调弦法作了系统地梳理,并对正调调弦和外调调弦进行了分门别类的整理。同时也对古籍记载中的几种存在数理矛盾的正调调弦法情况进行了新的解读。经过分析和综,合《神奇秘谱》共涉及8种调弦法,在第二章的理论基础上,第三章就按照这8种调弦法对《神奇秘谱》的64首琴曲逐一进行分析研究。本文试图通过理论研究和数理演算的方式对这一“神奇”之作作一个全面而合理的认识,从而为《神奇秘谱》的解读提供新的范式和可能。