本研究收集了2013年和2015年在北京市某医院急诊采集的35株肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）。根据全基因组测序、构建系统进化树、Average Nucleotide Identity（ANI）值、digital DNA-DNA Hybridization（d DDH）值分析判断其中三株菌（13B041,15B067和15B068）不属于肺炎链球菌（S.pneumoniae）。菌株15B067和15B068为同种不同株细菌,它们与假肺炎链球菌（S.pseudopneumoniae）和肺炎链球菌（S.pneumoniae）的ANI值分别为94.3和93.3（＜95）,d DDH值分别为56.70%（54-59.5%）和56.4%（52.8-59.9%）,因此被认为是潜在新物种。基于核心基因组蛋白序列相似性构建了最大似然系统发育树,从系统发育树结果分析菌株13B041属于Streptococcus mitis的一个未被研究报道的分支;通过对以上三株细菌进行生理生化特征分析,发现这三株细菌和其近缘物种肺炎链球菌（S.pneumoniae）、假肺炎链球菌（S.pseudopneumoniae）、缓症链球菌（S.mitis）具有明显的生理生化特征差异。菌株15B067和15B068区别于肺炎链球菌（S.pneumoniae）、假肺炎链球菌（S.pseudopneumoniae）的生理生化特征是能够利用核糖产酸和水解马尿酸盐,菌株13B041区别与缓症链球菌（S.mitis）的生理生化特征是能够利用环糊精、塔格糖、蔗糖、海藻糖产酸。根据全基因组测序结果,对耐药基因注释,比对喹诺酮耐药决定区（QRDR区）突变位点。菌株15B067和15B068 QRDR区的gyr A、gyr B、par C、par E四个基因发生了突变,同时基因组携带pmr A、pat A、pat B、tet M和erm B 5个耐药基因,分别对应氟喹诺酮类、四环素类、大环内酯类抗生素耐药性。菌株13B041QRDR区的gyr A、gyr B、par C三个基因发生了突变,基因组还携带pat A、pat B、tet M、erm B和cat 5个耐药基因,分别对应氟喹诺酮类、四环素类、大环内酯类、氯霉素抗生素耐药性。通过药敏试验测定了临床常用21种抗生素的最低抑菌浓度（Minimum inhibitory concentration,MIC）验证了菌株15B067、15B068和13B041的耐药表型,菌株15B067和15B068对β-内酰胺类、大环内酯类、红霉素、氟喹诺酮类、四环素类抗生素都有很强的耐药性,菌株13B041对β-内酰胺类、大环内酯类、红霉素、氯霉素、氟喹诺酮类、四环素类抗生素都有很强的耐药性。这三株细菌均为多重耐药菌,对多种抗生素高度耐药。在毒力因子库对三株细菌进行毒力因子注释,发现菌株15B067和15B068携带21种毒力因子,菌株13B041携带31种毒力因子,分别与细菌黏附、逃避免疫、酶、铁摄取、锰吸收、毒素相关。由于肺炎链球菌是SMG中研究报道最多且具有很强的致病性的病原体,本实验以肺炎链球菌（S.pneumoniae）ST556作为对照,对三株细菌进行毒力相关的表型研究,具体包括研究荚膜的产生、生物膜形成、溶血圈的形成、细胞毒实验、动物实验,从体内体外两个方面验证其毒力表型。通过细胞吞噬、黏附、侵袭和乳酸脱氢酶释放实验对三株菌的抗吞噬能力、黏附能力、侵袭能力和对细胞的破坏程度进行评估,实验结果表明三株菌对吞噬细胞不具备抗吞噬能力,具备对人上表皮细胞A549的黏附能力和侵袭能力,对该细胞的有一定程度的破坏力。体内实验通过腹腔注射方式检测小鼠体内菌株定殖情况来评估菌株的毒性。结果表明24 h内菌株13B041在免疫缺陷的小鼠体内可以定殖。而菌株15B067和15B068两株菌的定殖能力较弱。三株菌均存在细胞毒性,是潜在的病原菌。本论文通过分子方法对三株细菌进行详细的分类,判断菌株15B067和15B068为Streptococcus mitis group（SMG）的新物种。通过基因组注释和表型实验两个方面对三株细菌耐药性进行了解析,表明了这三株菌均为多重耐药菌。更值得注意的是,菌株15B067、15B068和13B041菌对人肺上皮细胞系A549具有细胞毒性,24 h内菌株13B041可以在免疫缺陷的小鼠体内定殖。本研究结果提示了肺炎链球菌近缘物种的致病潜力,为进一步了解、防控和治疗SMG菌群提供了依据。