长期以来,我国财政管理中“重分配,轻管理”的思路导致了对财政资金分配和使用缺乏有效的监督和考核机制,低效,无效的财政支出大量存在.目前,随着公共财政体制框架逐步建立与完善,以财政支出绩效评价为核心的政府绩效管理日益提上议程.我国财政理论界掀起了一股研究财政支出绩效评价的热潮,学者们纷纷探讨绩效评价的层次、指标体系、标准体系、计分方法等.同时,各级地方政府也在财政支出管理实践中广泛开展绩效评价活动,力图摆脱财政资金的低效率状况,从而顺利实现财政支出的目标.　　 财政支出绩效评价是一项理论性和应用性紧密结合的研究课题.公共财政理论、委托代理理论、新公共管理理论以及“3E”原则为财政支出绩效评价提供了理论依据.不同的地方政府可以根据自身的特点,选择不同的评价方法,因此,地方财政支出绩效评价体系的设计应具有一定开放性,而不是一个封闭的系统.本文在总结前人研究的基础上,构建了一套评价体系。同时,以南京市为例,综合运用主成份分析法、拉开档次法以及AHP层次分析法对1990-2006年南京市财政支出、1999-2006年南京市R&D经费支出进行了实证研究,得出以下三点结论:首先,南京市财政支出综合绩效水平在大部分年度处于比较稳定的状态,但是,在有些特殊年份,变动较为剧烈,这主要是由于这些年份中经济效果评价值变动幅度大且经济效果在评价指标体系中所占权重较大。其次,南京市R&D经费支出绩效总体上呈现逐步增长的趋势,特别是在2002-2006年阶段,增长迅速。最后,无论是财政支出综合绩效评价,还是R&D经费支出绩效评价,都存在支出结构调整的问题。　　 针对评价结果,文章结尾提出了五个方面的政策建议:首先,各级政府、部门以及单位必须掀起一场“指标革命”,转变以前的思维方式和工作办法。其次,建立财政支出绩效评价数据库,提供信息支撑。第三,优化财政支出结构,合理分配财政资金。第四,重视开展项目绩效评价工作,既要关注专项资金的评价,又要看重具体项目的评价.最后,要大力开展绩效审计工作和公众评议活动。