风电、光伏发电产业近年来发展迅速,装机量逐年上涨,我国可再生能源发电已初步实现市场化发展,但是仍存在供需不对称、弃风弃光、补贴缺口大等问题,降低了各项政策的执行效果,给政府财政带来沉重的负担。引入强制性市场化的绿色证书制度必要性越来越高,但是风电和光伏发电技术特性和自然资源特性不一样,导致发电成本和难度也不一样。现有试行的绿证交易平台中,风电认购数量远高于光伏发电,光伏产业发展滞后,因此需要在绿色证书制度中提出风电和光伏认购细分机制,使得风电光伏发展速度更加匹配,从而促进可再生能源发电结构更加的均衡完善。本文将区域间的电力交易和绿色证书交易结合起来进行分析。首先将中国分为十大发电区域,区域内发电企业、输配电商、电力零售商各一家,以区域为单位进行跨区域绿色证书和电力交易。其次使用跨区域电力市场均衡模型对于区域间的交易进行模拟,区域间电力需求等于电力供给、绿色证书需求等于绿色证书供给作为市场出清条件,用KKT条件求解此混合互补模型,使用GAMS软件计算求出最优解。最后,给予风电、光伏发电量在认购单张绿色证书时不同的乘数,来进行细分制度的情景分析。将可再生能源发电认购绿色证书细分机制与不细分的制度效果进行对比分析,发现可交易绿色证书细分机制能够很好的缓解政府财政压力、降低碳排放量、可再生能源发电量提高、显著提高光伏新增装机。风电乘数在0.4-0.6,光伏乘数在1.4-1.6范围内,对于光伏绿色证书的认购数量能够得到促进作用,且不会抑制风电绿色证书的认购数量和产业的健康发展。