辛亥革命的爆发,改变了晚清以来的海关二元体制,海关税务司不仅承担估税的职能,还新增了海关税款的征收、保管职能。《关税拨还洋债赔款办法》确立了由外交团监督总税务司使用海关税款偿付外债和赔款的制度,从而保全了中国政府的债务信用。民国肇建初期,北京政府财政拮据,无力偿付到期的外债和赔款,自然也就无法收回关税保管权。海关税款保管权的变动,使得海关税款的分配不得不经过外交团的同意。北京政府积极争取拨还关余,在海关总税务司的配合下,北京政府已经可以便利的得到关余,并于1921年将其充作整理内债基金。1925至1926年关税特别会议期间,二五附加税的保管与使用问题成为会议争论的焦点问题之一。英国政府逐渐确定了他们对华海关的新政策,即中国政府完全享有海关附加税的征收、保管与处置的权力。这种新政策的确立逐渐从海关附加税扩展到全部的海关税款。广州国民政府以及北京政府先后开征二五附加税,并自行管理与使用,开始冲击了关税保管权的旧有制度。南京国民政府掌控江海关的二五附加税收入,并以此发行内债,筹集大量的资金,为其统一全国奠定了坚实的财政基础。1928年6月,国民革命军占领平、津,张作霖退往东北,国民党基本上完成了形式上的全国统一。在总税务司梅乐和的配合下,南京国民政府在实施新的国定税则之际,改革了关税保管制度,将关税分为值百抽五的旧税与新增的额外关税两项,前者照旧存入汇丰银行偿付外债、赔款,后者则存入中央银行。1932年,国民政府彻底取消两种税款的分别,将全部关税存入中央银行,从而变更了关税保管权。随着税款保管权的改变,南京国民政府能够完全自主地使用关余,关余问题随着消失。南京国民政府将海关税款的分配更多地用于内政,偿付内债的比例逐渐超过了外债、赔款,海关税款真正成为中央政府的钱袋子。1937年抗日战争的爆发,使得日本开始将沦陷区的关税存入日本正金银行,并严重损害了外债、赔款的偿付。在总税务司梅乐和的多方努力与坚持下,中国海关一直维系到太平洋战争的爆发才分裂成两部分。而海关税款的大量损失,使得国民政府不得不考虑采取摊存办法来偿付外债、赔款。1941年12月太平洋战争爆发之后,海关分裂成汪伪海关总税务司署与重庆海关总税务司署。重庆政府海关实施《公库法》标志着海关税款不再由总税务司经管,完全直接由中国政府管理、使用。随着1943年中国与主要西方国家签订新约,英美等国放弃了庚子赔款,而海关税款担保的外债也暂时停付。至此,海关税款担保外债、赔款的职能基本消失,海关的国际信用机构的职能彻底消失,这样彻底改变了中国海关的地位。