β-catenin负向调控lncRNA MIR100HG的机制及生物学功能研究

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随着转录组测序地不断深入,越来越多的证据显示生物体基因组存在普遍转录,并由此产生大量非编码RNA(ncRNA)。早先的研究认为ncRNA是转录的副产物,并无实际作用,但是随着研究的深入,人们发现ncRNA在生命体中发挥着重要作用,是一种重要的调节因子。因此越来越多的研究集中在ncRNA的功能上,而对其表达调控机制研究较少。Wnt/β-catenin信号通路在80%以上的结直肠癌组织中异常活化,参与调控肿瘤的增殖、转移和干性,与结直肠癌的发生发展密切相关。但是对于该信号调控lncRNA的研究不足,因此本研究的主要目的是,探究Wnt/β-catenin信号是否以及如何调控lncRNA的表达,及其与结直肠癌恶性表型的关系。我们建立了过表达β-catenin的稳转细胞系,通过转录组分析发现,稳定过表达β-catenin可以显著抑制lncRNA MIR100HG的转录。进一步的启动子双荧光报告实验结果显示,β-catenin过表达可以抑制lncRNA MIR100HG启动子活性,并且β-catenin抑制剂可解除上述抑制作用。另外,DNA pull down结果显示,β-catenin/TCF4可以与lncRNA MIR100HG启动子结合,之后我们通过软件预测、染色质免疫共沉淀以及突变体DNA pull down实验确定了结合位点位于转录起始位点上游1120~1170处。进一步ChIP结果显示,过表达β-catenin可以显著降低该位点上转录活化标志H3K27Ac、H3K4me3以及RNA聚合酶Ⅱ的富集,同时转录抑制标志H3K27me3的富集增加,并且抑制β-catenin活性可以回补转录活化标志H3K27Ac的富集。为了探究β-catenin通过怎样的机制调控染色体修饰,我们筛选了与β-catenin过表达相关的组蛋白修饰基因,发现β-catenin可显著上调组蛋白去乙酰化酶HDAC6的表达,而且抑制HDAC6可以解除β-catenin对该lncRNA的转录抑制。染色质免疫共沉淀结果显示,HDAC6可以结合到lncRNA MIR100HG启动子上,另外免疫共沉淀结果显示,β-catenin与HDAC6之间存在相互作用,提示β-catenin可以招募HDAC6。进一步地,抑制HDAC6不仅可以上调细胞中H3K27Ac的整体水平,同时还可以增强H3K27Ac在lncRNA MIR100HG启动子上的富集以及该启动子的转录活性。即HDAC6通过调控H3K27Ac的水平进而介导β-catenin对lncRNA MIR100HG的转录抑制。此外,我们还发现转录抑制因子EZH2也同样可以被β-catenin招募,促进EZH2与lncRNA MIR100HG启动子的结合,进而参与抑制lncRNA MIR100HG的转录。功能分析显示lncRNA MIR100HG的高表达通过上调细胞周期抑制因子p57,导致细胞发生G0/G1期阻滞,抑制肿瘤细胞增殖及小鼠移植瘤的生长。综上所述,在结直肠癌中,β-catenin通过招募组蛋白修饰酶HDAC6以及EZH2到lncRNA MIR100HG启动子上,实现对lncRNA转录抑制。而该lncRNA可以通过上调p57进而诱导细胞发生周期阻滞,抑制细胞增殖。本研究一方面丰富了lncRNA的表达调控机制,另一方面完善了Wnt/β-catenin信号的作用机制,为进一步解读该信号与结直肠癌之间的关系提供了新的思路。
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