近年来,上市公司审计失败案件频频爆发,在社会上引起了广泛的关注,分析其失败的具体原因不难发现,注册会计师未按审计准则实施有效的函证程序是最重要的原因之一。执行函证程序是会计师事务所执行审计业务不可或缺的一部分,只有有效地执行函证程序才能获取可靠的审计证据进而提高函证程序的工作质量,但由于函证程序存在工作量大、数据多等特性,执行中难免存在薄弱环节,本文通过文献研究法和案例研究法相结合的方式,分析注册会计师在实施函证程序各环节中存在的缺陷并提出优化建议。首先,在剖析2011-2020年证监会处罚会计师事务所函证业务的基础上,并关注当下行业热点问题之一的资金池业务函证,从实务中选取典型案例作为研究对象。其次,以实施函证程序流程为主线,从询证函的设计、寄发函证和回函处理三个环节通过案例分析其存在的缺陷。询证函的设计环节存在的缺陷主要有银行函证及往来款函证对象选取不当、未按拟定函证范围选取函证样本;寄发函证环节存在的缺陷有未核对被询证单位信息、寄发函证时注册会计师未对询证函保持控制;回函处理环节存在的缺陷有回函信息与实际信息不符、未如实汇总回函结果、未对回函异常保持充分关注以及未实施替代测试程序。除此之外,注册会计师在执行资金池业务函证时存在未能对其予以关注、未能有效实施函证程序的缺陷,并从注册会计师角度和会计师事务所角度分析电子函证方式存在的缺陷。完后针对具体的问题并结合我国审计准则对实施函证程序的规定提出上市公司年报审计函证程序的优化建议,在询证函的设计阶段,注册会计师需选取恰当的银行函证及往来款函证对象,以及按拟定函证范围选取函证样本;在寄发函证阶段,注册会计师需核对被询证单位信息并对发函过程保持合理控制;在回函处理阶段,注册会计师需对回函进行如实汇总并统计回函结果,对回函中的异常保持充分关注,对未回函的客户实施进一步审计程序。此外,对于集团型上市公司,注册会计师需对其是否存在资金池业务予以关注并有效实施函证程序。最后提出构建数字化函证平台的优化建议。通过研究可知,规范函证程序除审计主体外审计客体及第三方也应不断提高执行力度和完善制度建设,政府及监管机制也应该不断完善行业规范。期望通过本文的研究能为会计师事务所对上市公司年报审计实施函证程序提供引导与帮助,进一步提高函证程序的工作质量,确保审计工作得以顺利实施。