本该文围绕专利制度的目的和特点对这些哲学问题进行分析。专利法的立法目的具有很大的功利性，利益平衡论是包括专利法在内的知识产权法的理论基础。 在基因序列是否属于发明的问题上，该文先分析了基因序列发明与发现问题上的困惑，回顾了在自然物质专利问题上有关国家的认识过程，并从专利制度的目的、科技政策、科技产业等几个方面分析了这一问题。认为，对自然状态下的基因的认识是一种科学发现，但基因被分离、纯化之后，有了产业上应用的可能，应当被认为是一种发明。 在基因专利的归属和利益分享问题上，分析了基因资源在基因技术研究中的作用、基因资源提供者分享利益的合理性和在知识产权体制内分享利益的可能性，提出为了平衡发明者与基因资源提供者之间的利益，促进基因产业的发展，基因资源的提供者应当参与基因专利的利益分享。同时分析了基因资源提供者应享受的主要权利。 在基因专利是否公平的问题上，分析了发达国家和发展中国家在基因技术研究起点、研究过程和研究结果中的不同地位，指出了其中的不公平现象，并从专利制度的特点出发，提出了在基因专利的垄断性、时间性、地域性三个方面进行变革的设想。