清洁小流域治理是实施乡村振兴战略的重要基础工程。清洁小流域治理中的政府部门角色发挥至关重要。本文从政府部门视角入手,深入研究清洁小流域治理中的部门协同治理现状,为政府部门管理作用发挥、清洁小流域治理高质量推进提供理论借鉴。本文在收集宜昌市Y区清洁小流域协同治理的基础数据后,进一步通过对参与建设管理清洁小流域治理的关键人员进行专家访谈,对各参与方工作人员普遍开展匿名问卷调查,通过对调查结果的汇总分析,研究当前Y区清洁小流域协同治理存在的深层次问题。调查结果显示,调查对象对Y区清洁小流域治理工作的整体评价均分为7.2分（满分为10分）,并认为当前清洁小流域协同治理工作表现的问题中,部门协同外部保障不足、部门协同整合机制不健全问题最为突出,部门协同动力不足、部门协同能力不足问题中等严重,引导公众参与不足问题相对次之。调查对象认为造成部门协同外部保障不足问题的影响因素,重要性从高到低依次是清洁小流域治理标准不完善、建设资金保障不到位、建设与后期管护配套制度不健全、上级统筹协调不够、上级检查指导不够;认为造成部门协同整合机制不健全问题的影响因素,重要性从高到低依次是缺少统一的常态化协同机构、部门间沟通机制不健全、缺乏考核奖惩机制、多头审批造成协同困难;认为造成部门协同动力不足问题的影响因素,重要性从高到低依次是部门权责归属不清晰、存在避责心态、部门间利益存在冲突、对协同效率存在担忧、对强势资源和权力部门的依赖;认为造成部门协同能力不足问题的影响因素,重要性从高到低依次是各部门对整体情况掌握不够、部门间关系不紧密、协同部门专业能力不足、牵头部门级别较低,话语权不够、领导协同技巧不够;认为造成引导公众参与不足问题的影响因素,重要性从高到低依次是公众参与渠道不畅通、公众参与面较小、政府对公众的宣传引导不够、公众参与质量难以保障、政府对公众意见的重视度不够。结合研究和地区实际,提出如下改进对策和建议:一是健全政策配套,夯实治理基础;二是拓展投资渠道,强化资金保障;三是强化整合治理,完善奖惩机制;四是配强专业队伍,增强协同能力;五是畅通各方渠道,强化公众参与。