目的以山东省某三甲医院新生儿科患者中分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌株为研究对象,对其耐药表型、基因型和同源性进行研究分析,并探讨肺炎克雷伯菌新生儿分离株对碳青霉烯类耐药的分子机制。方法18株对碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌是2017年3月～2018年5月从山东省某三甲医院新生儿科住院的患儿中分离获得（菌株编号LW1～LW18）。菌株的鉴定和药物敏感试验通过法国梅里埃Vitek-2 Compact系统。利用聚合酶链反应（PCR）筛选菌株携带的碳青霉烯酶耐药基因;然后,基于Illumina Mi Seq二代测序获得菌株的基因组序列,并使用Res Finder软件分析菌株携带的碳青霉烯酶耐药基因以及其他的耐药基因。将获得菌株的序列提交肺炎克雷伯菌多位点序列分析网站（http://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/klebsiella.html）以获得每个菌株的多位点序列型（MLST）。另外,通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）试验和Bio Numerics（7.6）聚类软件分析菌株之间的同源性。S1核酸酶切的脉冲场凝胶电泳（S1-PFGE）技术检测菌株所携带的质粒数量及其分子量大小。结果药物敏感试验结果显示,18株肺炎克雷伯菌除了对厄他培南、亚胺培南和美罗培南都耐药外,并对磺胺类、喹诺酮类和氨基糖苷类抗生素呈现不同程度的耐药。PCR扩增和高通量测序结果显示,肺炎克雷伯菌临床株都同时携带多个耐药基因。在这18株肺炎克雷伯菌中,8株菌（44.4%,8/18）携带bla NDM-1基因,这包括ST45型7株（38.9%,7/18）和ST789型1株（5.5%,1/18）。其余10株菌（55.6%,10/18）都携带bla KPC-2基因,且均为ST11型。PFGE结果显示,10株ST11型肺炎克雷伯菌中有8株菌（LW2、LW6、LW7、LW11、LW12、LW14、LW15和LW18）的电泳条带位置和数目相差在3条以内,其聚类分析相似度为93.6%～100%;而7株ST45肺炎克雷伯菌中,有6株菌（LW4、LW5、LW8、LW9、LW13和LW16）的电泳条带位置和数目也相差在3条以内,聚类分析相似度为92.0%～100%。另外,S1核酸酶切脉冲场凝胶电泳结果显示,这18株肺炎克雷伯菌分别携带2～5个质粒。这些质粒大小不一,最大的约为250Kb,也有小于20Kb的质粒。结论肺炎克雷伯菌新生儿分离株对碳青霉烯类耐药的分子机制是与其携带bla KPC-2基因或bla NDM-1基因有关,而且这些菌呈现的多重耐药表型也与其携带多种耐药基因相符合。携带bla KPC-2基因ST11型肺炎克雷伯菌和携带bla NDM-1基因的ST45型肺炎克雷伯菌在新生儿科存在医院感染的暴发流行,而且携带bla NDM-1基因的ST45型肺炎克雷伯菌引起新生儿的医院感染暴发为国内外首次报道。因此,有必要进一步加强对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌流行的监测和抗生素的合理使用。