县域经济是国民经济发展的基本单元,对区域内现代化水平的提高具有重要的作用。县域经济差异是经济发展过程中的一种普遍现象,适度的差异可以促进局部地区经济先发展起来,促进区域的合作与竞争,而且可通过“扩散效应”实现整体经济均衡发展；过大的经济差异,则会对经济和社会发展产生一系列负面影响,严重阻碍区域经济协调发展。在社会经济发展的新形势下,甘肃省县域经济发展呈现出诸多的不和谐,县域经济发展的差距问题严重影响甘肃省全面建设小康社会的进程。本文以区域经济相关理论为依据,对1998年至2010年甘肃省县域经济差异进行研究。首先,介绍了区域经济相关理论。然后,构建综合指标体系并结合统计分析软件SPSS17.0对1998、2002、2006、2010年四个时间点甘肃省69个县域进行主成分分析,并对其进行排名,将其分成四个不同的经济发展层次。最后利用ARCGIS10.1软件对甘肃省县域经济差异的空间格局及其变化过程进行空间可视化处理,并分析甘肃省县域经济差异的原因。通过研究发现：甘肃省县域经济水平薄弱,两极分化严重；东西县域经济差异明显,较发达的县域沿轴线集中分布于河西、陇中地区；较落后的县域连片集中分布于陇东和陇南地区；空间格局相对稳定,陇东地区进步明显：自然条件与自然资源差异、固定资产投资差异、政策倾斜差异和产业结构差异是导致甘肃省县域经济差异的主要原因。