目的尝试通过文献计量学指标学科领域百分位（Percentile in Subject Area,PSA）遴选代表作论文,采用代表作论文及学科标准化指标对我国大陆高校进行科研绩效评价,纠正长期以来使用单一的论文数量和未经学科标准化处理的传统指标进行评价的弊端,以期为高校科研绩效评价提供更加科学合理的方法。方法以2021年In Cites数据库收录的我国“双一流”建设高校、医学类高校和师范类高校为研究对象,将PSA≥75定义为代表作论文遴选的最低标准,其中PSA≥99者为第Ⅰ层次代表作,PSA≥95者为第Ⅱ层次代表作,PSA≥90者为第Ⅲ层次代表作。计算各高校学科标准化指标t PSA和t CNCI。将代表作论文评价结果与全部论文评价结果进行对比,同时对不同层次代表作论文的评价结果进行对比,学科标准化指标t PSA、t CNCI与传统引证指标影响因子评价结果进行对比,分析其评价结果的异同,探讨基于代表作论文及学科标准化的高校科研绩效评价的优越性。结果采用代表作论文和全部论文以及采用不同层次代表作论文的高校评价结果明显不同;与全部论文评价相比,代表作论文评价一定程度上规避了“以量取胜”的评价模式。Spearman相关检验结果显示,t PSA、t CNCI和累计影响因子等3个指标中任意2个指标均呈高度正相关（r＞0.800,P=0.000）,其中同为学科标准化指标的t PSA与t CNCI相关度最高（“双一流”大学的r=0.997,医学院校的r=0.996,师范院校的r=0.993）,但高校的t PSA、t CNCI排序与累计影响因子排序仍有明显差异。基于代表作论文及学科标准化的高校评价与QS世界大学排名、泰晤士高等教育世界大学排名和软科世界大学排名表现出高度的统一性。结论利用论文PSA界定代表作论文简单明确。与传统评价方法相比,基于代表作论文及学科标准化的高校科研绩效评价有明显优越性,与国际权威评价高度一致。