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随着我国经济的快速发展,为适应建立多层次资本市场的需要,创业板市场在2009年10月正式开通之后各个层次资本市场之间互补融合协同作用越来越明显。研究证券市场各个板块之间的差异性、联动性、波动性有利于管理层更好的制定政策,有利于投资者深刻认识其规律,定价及金融风险控制。因此,有关证券市场运行方面的研究在学术和实际应用方面显得愈发重要。本论文以创业板和主板市场作为研究对象,考察两者相互波动关系。一方面我国创业板创立的时间还不长,研究创业板和主板市场的相互关系对投资者借鉴主板市场的成熟经验起到启发作用；另一方面,我国关于创业板市场的研究尤其是各个市场间差异性、联动性的研究相对较少,因此将创业板与主板市场相结合起来对比研究有一定的创新性。本文分别选取了从2010年6月1日到2014年1月10日的主板和创业板指数,共计875个日数据。主板市场方面选用沪深300指数(399300)作为代表,探究主板市场波动特征；创业板市场方面选用创业板指数(399006)作为代表,探究创业板市场波动特征。在本文的写作中先利用自相关检验和单位根检验等方法检验指数收益率波动的平稳性；研究显示,主板沪深300指数和创业板指数日收益率时间序列皆平稳性；然后对我国创业板和主板市场指数进行协整检验,检验两者之间是否存在长期的均衡关系,实证结果表明：我国主板沪深300指数和创业板指数在样本区间内呈现均衡的协整关系；再次利用Granger因果检验方法检验创业板市场与主板市场的因果联系,通过阶段一、阶段二和阶段三分别检验得出不同结论并分析原因；最后利用类GARCH模型对主板和创业板指数的收益率波动性、非对称性进行实证研究。结果显示：在GARCH模型下,主板指数和创业板指数收益率呈现不同程度的波动聚集性现象；而且创业板指数条件方差大于主板指数条件方差,意味着创业板市场股票波动性大于主板市场,亦即创业板市场股票波动风险大于主板风险波动；创业板和主板市场都呈现不同程度的杠杆效应,即负面信息对指数的冲击大于正面信息。