1895年甲午战后,台湾被据为日本殖民地长达50年。在这50年中,整个台湾社会处于高压殖民政策之下,殖民者在对待清代遗留下来的传统书院问题上采取了改造措施,在这样的背景下台湾传统书院经历了三个阶段的演变。日据初期书院被改造为日语传习所为演变的第一个阶段。日据初期,殖民地政府欲在短时间内迫切建立起以日语为主要通用语言的目标,并以此为过渡进一步对中国传统的教育方式加以利用,改造为配合实施“紧要事业”为目标的日语传习所。在此目标下,总督府出台一系列法规对改造后书院进行管理,书院教师主要以日籍教师为主,课程及教材以教授日语为目的,在招生方面利用地方士绅及毕业后待遇诱导学生入学。但在书院转型后存在民众的不认同与抵抗、转型后书院经费不足两方面问题,转型后书院难以运行面临再次转型。演变的第二个阶段为1898年颁布《台湾公学校令》明确规定日语传习所逐渐转型为公学校,从1898-1941年间书院逐渐进行第二次被迫转型,这一次转型时间跨度较长,其目的是为达到殖民地政府所谓“永久事业”的目标,即以第一阶段转型后书院培养出来的教师、官吏等进行更大范围的殖民教育。第二次转型后的书院殖民教育色彩、差别教育色彩更为浓厚,这一时期台湾民众与殖民者矛盾激烈,改造后书院在这个时期进入了转型的第三个阶段。演变的第三个阶段是书院主动转型为庙堂,地方士人利用总督府“保护宫庙寺院”条例对书院进行保护,将书院登记为“祭祀业”,以家族祠堂、孔子庙、文昌庙、寺庙、鸾堂等形式保留了下来。因此,从某种程度上说,日据时期部分书院文化得到了有效保留,并没有完全消失,但是保留下来书院的运行模式、培养目的、教学内容均已发生了变化。在台湾书院的前两个演变阶段中,由于日本殖民者自始至终将殖民教育体制“紧急事业”“永久事业”贯穿于前两个阶段中,从而导致了传统书院的转型,以此带来殖民文化与儒家文化间的激烈博弈、书院转型与儒学的式微等的负面后果。在第三个演变阶段中,书院主动转型为宗庙祠堂得以有效保留了书院部分文化,但至此书院的教育功能几乎已完全丧失。