瑶山苣苔(Dayaoshania cotinifolia W.T.Wang)是1983年由王文采在广西省大瑶山自然保护区内发现的苦苣苔科植物新种,为中国特有的单型属植物。苦苣苔科植物是一个处于剧烈分化的类群,瑶山苣苔是该科较原始的种,这就意味着该科的某些属和种适应能力弱化,具有较高的科研价值和经济价值。由于瑶山苣苔资源数量分布极其有限,生境特殊,分布范围狭窄,并受人为活动的影响,其种群数量和分布面积急剧减少。在1999年国务院颁布的《国家重点保护植物名录》(第一批)中被列为国家I级重点保护野生植物,被《中国植物红色名录》(第一卷)定为极危种( Critically Endangered )。弄清濒危物种的遗传多样性和遗传结构的现状,才能有效的制定出濒危物种的科学合理切实保护策略。分子标记能直接从DNA水平反映物种水平上的遗传差异,是研究植物遗传多样性的有效工具。SSR标记具有种属特异性高、多态性高、共显性及中性标记等诸多优点,目前被广泛应用于遗传多样性的研究。本试验应用自主开发的10对SSR标记引物对仅有的两个居群61个瑶山苣苔个体的遗传多样性进行了研究。主要结果如下:(1)成功构建了一个富含SSR序列的瑶山苣苔基因组文库,克隆培养后从中随机挑选克隆送样81个,其中含有SSR序列的高达64条,得率达79%。选择其中38条适于设计引物的序列设计并订购了引物对两个居群的10份DNA样品进行PCR扩增,其中15对引物可以得到清晰单一的目的条带,为了进一步在ABI3730测序仪上进行数据分析,需要对引物加上荧光接头。加上荧光接头后发现仍有10对引物可以扩增得到目的条带,最终就选择这10对引物对两个居群的全部个体进行PCR扩增并分析数据。(2)运用Arlequin311软件对瑶山苣苔两个居群共61个个体进行数据分析,发现有2个位点仅有一个等位基因,为单态,而在剩余的8个多态位点中,等位基因从2个到12个等,平均为4.5个。而对其杂合度的分析发现,在物种水平上,观测杂合度从0.01639到1不等,平均为0.50830;预期杂合度从0.01639到0.65831不等,平均为0.41556。其中有5个位点极显著的偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),分别是JT14,JT26,JT29,JT17和JT34。还有1个位点JT21是显著的偏离Hardy—Weinberg平衡(P<0.05)。在基因对之间还检测到连锁不平衡。其中4对显著,P<0.05,分别是JT14与JT29,JT3与JT29,JT14与JT34,JT34与JT17。3对极显著,P<0.01,分别是JT29与JT34,JT14与JT34,JT17与JT34。(3)运用bottleneck软件对两个居群进行瓶颈效应检测,发现在不同的模型下,分别有一些位点观测杂合度显著或极显著的高于预期杂合度,但是等位基因频率分布图却是典型的“L”型,说明该物种并未经历瓶颈效应。推测可能是所用位点数目太少,通过我们的数据无法检测到该物种发生过瓶颈效应。