为建立我国水环境的生态学基准体系，并验证体系的合理性，从而为我国水环境保护及水质标准的设立提供科学依据，自2011年6月至2014年2月，调查了辽河水系和太湖的浮游植物群落特征。研究分析了水样中浮游植物的群落结构特征（种类组成、细胞密度、污染指示种、优势种、生物多样性指数），并验证了课题组前期确定的浮游植物生物多样性的生态学基准值。　　研究期间，辽河水系检出浮游植物6门70属230种及变种;太湖检出浮游植物6门59属187种及变种。两个水域的种类组成均为绿藻-硅藻型。辽河水系所有样品的浮游植物的平均细胞密度为3.26×106 cells(或团)·L-1，其中绿藻的密度最大。太湖浮游植物的平均细胞密度为4.09×106 cells(或团)·L-1，蓝藻密度最大。两个生物指标指示辽河水系与太湖均为富营养型，夏季富营养化更为严重。　　辽河水系检出污染指示种71种，能指示βm（乙型中污）的种类最多。检出40种优势种。两个指标综合显示辽河水系为中度污染水体。太湖检出污染指示种58种，βm指示种最多。检出优势种30种，且主要为βm、αm（甲型中污）指示种。故太湖为中度污染水体，污染较重。　　辽河水系浮游植物的生物多样性指数相关性较好（H（物种多样性指数）与D（丰富度指数）、J（均匀度指数）均相关），夏季H=1.18～3.56，冬季H=1.45～3.17。H值较大，显示辽河水系浮游植物群落结构较为复杂、稳定。太湖生物多样性指数之间也具有相关关系，夏季H=0.55～2.78，冬季H=1.26～2.67。冬季相对较为均匀，夏季受微囊藻爆发的影响，有些点位的生物多样性指数较小。太湖浮游植物的生物多样性指数显示，夏季的有些点位已达到重度污染状态。　　利用辽河水系2011～2013年夏季浮游植物的数据验证H的生态学基准，显示原参照状态中浑河上游的H2为湖泊型饮用水水源地，不适合;浑河中游的H4、H6为典型的河流点位，且各生物指标显示适合作为参照状态。辽河中游原参照状态L9合适，基于数据，建议增加辽河上游的L6、L8，中游支流的L11作为辽河的参照状态。原生态学基准值偏高，依数据确定基准值下限H=3.29，将基准值确定为:H=3.29～3.65。　　依据太湖2011～2013年夏季浮游植物的数据验证H的生态学基准，考虑分区的思想，建议将湖东滨岸区的参照状态(D2、D5、D6、D7)减为2个;将西南区的N5点位替换为N1及N3;在水质相对较好的西北区、贡湖分别选取2个点位作为参照状态;在水质相对较差的梅梁湾、湖心区选取1个点位作为参照状态。选取原生态学基准值H=2.72时，2011～2013年夏季77个样品中，共有4个达到基准要求。综合考虑各因素，确定生态学基准值为H=2.72。