肝脏是维持生命的重要器官之一。肝癌是一个世界性的健康问题。它是世界上第六大恶性肿瘤,每年至少有一百万以上的新增病例产生,而且它是肝硬化患者的主要致死原因。过去一些年的统计数据显示,在许多国家,肝癌的发病率正在上升。肝癌的致癌过程是非常复杂的,有许多的致病因子和这一过程相关。乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)的感染,酒精以及黄曲霉毒素的摄入,被广泛的认为是肝癌的四大病理学风险因素。对临床数据的研究表明,丙型肝炎病毒的长期感染是人类风险程度最高的肝癌治病因素,尤其是那些已经发展为肝硬化的病人,对他们来说,每年有2%-8%的病人转化为肝癌。虽然以前的这些以临床为基础的研究显示了丙型肝炎,肝硬化以及肝癌之间的密切联系,但是这些现象背后的分子机制人类目前仍然不是很清楚。而且由于肝癌的特殊性,研究肝癌发病前的过程和转化机制,以便能够更好的预防或者进行早期诊断,就显得尤为重要。目前蛋白质网络的方法已经被应用到疾病分子机制的研究,特别是癌症的研究中。但是大部分的工作都集中在对蛋白质相互作用网络的研究,作为蛋白质产生的重要调控过程的转录调控网络并没有被纳入分析。我们使用整合的包括蛋白质相互作用关系和转录调控关系的生物学分子网络数据,开展对肝癌整个发病过程的研究。作为前期的准备和铺垫,同时也是研究领域的客观需求,基于数据整合,文献挖掘,以及芯片分析的方法,我们建立了人类肝脏的ATP-HL (Atlas of Transcriptomics and Proteomics in Human Liver)的数据库和人类肝癌分子网络的HCCNet (Hepatocellular carcinoma network)数据库。然后基于整合的生物分子相互作用网络的数据,以及结合包含了整个丙型肝炎诱导的肝癌发病过程的从丙型肝炎到BCLC C期肝癌一共六个阶段的样本的基因表达谱芯片数据的分析,我们构建了每个阶段的疾病相关网络,并按照病理顺序进行了丙型肝炎诱导的肝癌发病过程的动态网络分析,发现了增加肝癌发病风险的子网络。为了更好的理解子网络的功能和增加发病风险的原因,同时也由于当前网络功能分析方法的不足,我们开发了IGO方法,并基于超几何分布对每个子网络进行了功能富集分析。最后在二十七个子网络发现了显著富集的功能(P值<0.01)。