农田水利建设,作为水利建设的一个重要组成部分,是我国水利建设中不可或缺的一个环节。随着近年来,中央越来越重视农田水利建设,中央及各级政府对于农田水利建设的投入逐渐加大,如何管理和运用好这些农田水利建设专项资金对于搞好农田水利建设,无疑具有重要的意义。现今,我国农田水利建设资金投入主要以财政资金为主,县级政府部门作为农田水利资金的具体使用部门,所以县域农田水利建设专项资金的管理好坏,对于农田水利建设是否能达到预期效果,是十分关键的。在目前主要采取财政专户对农田水利建设专项资金管理的模式下,主要存在这样的一些突出问题：县级财政投入不到位和配套不足问题；资金使用与批复项目不符；资金控制不严,有挤占挪用现象；外部环境制约,资金结算不规范；资金投入交叉,资金利用效率有待提高。对于农田水利建设专项资金管理存在的问题,本文认为可以从以下几个方面入手：项目审批与资金使用加强联系,强化项目预算；完善农田水利专项资金管理制度；农田水利专项资金管理与项目管理相结合；农田水利专项资金的拨付和监督相结合；加强对农田水利专项资金涉及机构和相关人员管理；整合涉农、涉水相关资金,整体统筹管理。