随着国家对事业单位财政资金投入的加大和财政管理体制改革的深入,事业单位在旧有管理体制的影响下,内部控制意识不强,无法有效利用财政资金,不重视风险的防范,造成事业单位的运行效率低下,难以适应社会科教文卫事业发展的需要。提高事业单位的管理水平,保证财政资金使用的效率,重视事业单位内部控制的发展是我们应该关注的问题。本文在介绍事业单位的定义特点和内部控制理论的基础上,分析了现阶段事业单位在内部控制方面普遍存在的问题,结合西方COSO内部控制框架和COSO全面风险管理框架,以及我国关于企业内部控制制度体系的内容,来指导研究事业单位内部控制。并借鉴COSO全面风险管理框架理论和我国企业内部控制的具体配套指引,以自然博物馆为例,结合公益性事业单位的特点,从内部环境、目标制定、事项识别、风险评估、风险应对、控制活动、信息和沟通、监督八要素对自然博物馆的内部控制进行介绍,具体分析了业务流程和控制措施,并提出建议从改善博物馆的内部控制环境、加强管理者对内部控制的重视、构建内部控制制度三方面完善博物馆内部控制。