创新是引领发展的第一动力。党中央国务院提出要进一步强化基础研究，突出原始创新，推动基础研究与应用研究融通创新发展，促进企业、高校、科研机构等各类创新主体协作融通。当前，世界面临百年未有之大变局，世界形势复杂多变，多边主义面临挑战，在此形势下，不断增强我国自主创新能力和水平迫在眉睫，其中原始创新至关重要，而企业原始创新则是重中之重。原始创新是其他形式创新的源头和基础，是企业掌握关键核心技术和获得竞争优势的有效途径，是国家提升综合国力的核心支撑。然而，原始创新通常具有很强的探索性和未知性，是一种高投资、高风险、长期性的创新活动，要求企业具备雄厚的科研实力和极强的抗风险能力。当企业仅凭自身内部资源和能力而难以实现原始创新时，通过与高校和科研机构以合作形式进行的合作型原始创新，是企业获取创新源的有效途径。从互惠理论视角对企业主导的合作型原始创新过程的系统研究具有重要的理论和实践意义。本论文在创新管理理论、行为经济学理论的基础上，构建基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新过程的理论框架，系统分析互惠条件下企业主导的合作型原始创新的合作形成阶段、知识交互阶段和利益分配阶段中主体间的合作演化问题，通过构建企业主导的合作型原始创新的共生演化模型，揭示两类原始创新主体在互动过程中如何形成长期稳定的互惠共生关系，在此基础上提出促进企业主导的合作型原始创新稳定发展的对策和建议。
　　首先，构建基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新过程的理论框架。界定企业主导的合作型原始创新的内涵，对企业主导的合作型原始创新的参与主体和特征进行分析，在此基础上总结了企业主导的合作型原始创新过程的内涵，阐述了直接互惠理论、间接互惠理论、强互惠理论、利他行为理论以及互惠理论的博弈论。在此基础上，从互惠理论的视角分别对企业主导的合作型原始创新的合作形成阶段、知识交互阶段、利益分配阶段以及共生演化进行分析，构建基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新过程的理论框架。
　　其次，基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新的合作形成阶段分析。该阶段主要包括互惠共生合作伙伴的选择和合作创新氛围的形成。对企业主导的合作型原始创新的互惠共生关系进行理论分析，构建互惠共生伙伴选择的评价指标体系，运用FANP-FTOPSIS法对企业主导的合作型原始创新互惠共生伙伴选择进行评价，并通过算例分析验证该方法的可行性和有效性；剖析基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新氛围的形成机理，分别构建直接互惠和间接互惠两种机制下企业主导的合作型原始创新氛围形成的演化博弈模型，并进行稳定性分析。
　　再次，基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新的知识交互阶段分析。第一，分析互惠性、知识共享对企业主导的合作型原始创新的作用机理以及战略柔性的调节作用，运用层次回归法和问卷调查法进行实证研究；第二，通过构建序贯互惠模型，研究企业主导的合作型原始创新中两类创新主体间知识共享的动态互惠激励效应；第三，基于B-Z反应模型，以互惠性文化为控制变量，构建企业主导的合作型原始创新知识流动过程中知识共享、知识整合、知识创造的Logistic模型，通过问卷数据和Matlab软件仿真研究了在三种不同初始状态下，当互惠性文化强度变化时，企业主导的合作型原始创新知识流动的演化趋势。
　　然后，基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新的利益分配阶段分析。该阶段主要包括利益分配及其风险化解。构建企业主导的标准Stackelberg利益分配博弈模型，考虑高校和科研机构是具有互惠性行为的跟随者，提出基于互惠性行为的Stackelberg利益分配博弈模型，比较分析在不同利益分配博弈模型中，企业与高校和科研机构的最优分配比例、最优努力程度、最优收益以及总体最优收益，并进行数值模拟分析；重点分析企业主导的合作型原始创新利益分配过程中的知识产权风险问题，包括知识产权风险的主要内容及诱发原因，阐述了其在企业主导的合作型原始创新中的具体表现，并提出行为经济学中的互惠理论对该风险化解的方式。
　　另外，基于互惠理论的企业主导的合作型原始创新的共生演化研究。对企业主导的合作型原始创新的共生演化进行理论分析，构建企业主导的合作型原始创新的共生演化模型，运用Matlab软件仿真研究了企业主导的合作型原始创新中企业与高校和科研机构之间共生关系的动态演化过程。
　　最后，提出促进企业主导的合作型原始创新稳定发展的对策和建议。分别从合作形成阶段、知识交互阶段、利益分配阶段以及共生演化等方面提出促进企业主导的合作型原始创新稳定发展的对策和建议。