本论文通过鼠尾藻发酵制取乙醇的实验，探究了以鼠尾藻为原料发酵制取乙醇的最佳发酵条件，使乙醇的产量高达鼠尾藻干重的3.0%-4.0%，并且从细胞水平上探究了鼠尾藻细胞结构在水解和发酵过程中的变化。首先，进行了鼠尾藻发酵制取乙醇的实验，优化了发酵温度、pH值、时间、纤维素酶浓度、酵母菌浓度，建立了发酵工艺。实验结果表明，鼠尾藻发酵制取乙醇过程中的最适温度为25℃-30℃，pH值控制在6-8的范围内，不添加纤维素酶，鼠尾藻制取乙醇的发酵周期为3-4天，添加纤维素酶，鼠尾藻的发酵周期为6-7天。若酵母浓度较低，增加纤维素酶的量是影响乙醇产量的主要因素。当酵母浓度较高（30%-40%）时，酵母菌是影响乙醇产量的主要因素。两种纤维素酶的添加能够使鼠尾藻发酵生产的乙醇产量大幅度提升，并且使用纤维素酶R-10的鼠尾藻发酵后的乙醇产量比使用阿拉丁纤维素酶的鼠尾藻发酵后的乙醇产量高。甘油是鼠尾藻发酵制取乙醇过程中最主要的杂质，甲醇和其它杂醇的含量都很微小。利用鼠尾藻发酵制取乙醇的产量的最大值为51.32ml/kg，达到了鼠尾藻干重的4.02%。其次，探究了鼠尾藻的细胞在水解和发酵过程中的变化。实验结果表明，两种纤维素酶的添加并没有对酵母菌细胞的生长发育产生直观的影响，酵母菌细胞壁没有出现破碎；鼠尾藻细胞结的变化主要集中在水解阶段，随着发酵时间的增加并没有明显的变化。两种纤维素酶的添加能够促进鼠尾藻细胞的水解，随着水解时间的增加，鼠尾藻细胞不断的破碎，大量的细胞内容物冲出，溶液中很有很多鼠尾藻细胞碎片。而鼠尾藻细胞表面的褐藻胶是水解过程中的最大的阻碍，是今后研究者需要突破的方向。