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本文将视角对准R&D的主体——企业R&D，把研究范围界定在新兴的高技术企业，详细的比较了我国30个省级行政区(西藏由于数据缺失被剔除)高技术企业的R&D经费投入情况，并且进一步探讨了影响R&D经费投入的企业内部因素，建立回归模型，选用1999-2004年的面板数据对模型进行了检验。由于剔除了仍处于高度垄断的航空航天器制造业，使得本文的省际比较和因素分析更贴近企业R&D的实际意义。
在省际比较中，本文采用最新省际数据，结合制图软件，以数据图表和差异分布图的形式，比较了各省R&D经费内部支出与强度。结果显示：当前我国各省高技术企业的R&D支出水平很不均衡，明显出现了东部优于中部，中部又优于西部的情况；各省R&D强度水平也是不均衡的，但是已经看不出东中西三大地带的明显差异了。综合R&D支出与强度来看，2004年全国29个省份中，仅有3个省份的R&D支出与强度的全国排名是完全一致的，有11个省份的名次差异较大。
进一步分析影响R&D经费投入的企业内部因素。根据已有的研究成果，参考数据来源，本文最终确定了三个主要因素：企业规模、人力资源和出口导向。以这三个因素作为解释变量，分别建立它们与两个被解释变量R&D支出与R&D强度的回归模型，选用1999-2004年的面板数据对模型进行检验。回归结果显示：影响R&D支出的首要因素是企业规模，其对R&D强度也有着重要的影响；影响R&D强度的首要因素则是人力资源，其对R&D强度的影响比R&D支出更强；出口导向因素对于R&D支出的影响也为正，但是作用较小，对于R&D强度则没有显著影响，R&D强度的模型剔除了出口导向因素。