中国近代科学建制萌芽于洋务运动时期,西方传教士在其中起到了重要的作用,他们促进了中国科学教育和科学出版事业的发展,开创了最初的中文科学名词统一工作,开办了中国本土第一所科研机构——徐家汇天文台。在科学教育方面,传教士在中国开办的教会学校中开设了科学课程,登州书院、中西书院等因为其科学课程而闻名并被其他学校所效仿,为中国新式学校中的科学教育起到了示范作用；在官办的新式学校中,传教士通过直接担任教习职务传播科学知识,有的传教士甚至对官办学校的科学教育具有决策权,如在京师同文馆中出任总教习一职的传教士丁韪良,由他制定的新式课表正式拉开了中国近代科学教育的帷幕。在科学出版方面,教会出版机构出版了大量由传教士译著的科学书籍,洋务运动时期最为出名的教会出版机构是益智书会和广学会；官办出版机构中,传教士与中国学者合作译著了许多科学书籍,在传播科学的同时培养了一批中国早期科学家。在这一时期,传教士主办了一批刊载科学知识的报刊,促进了中国近代科学的传播,包括林乐知主编的《万国公报》长期连载西方科学著作,傅兰雅创办的科学专刊《格致汇编》对普通民众的科学启蒙起到了重要的作用。在中文科学名词统一方面,传教士对翻译过程中的中文科学名词进行了大量的整理工作,成果最为丰厚的是益智书会,专门成立了地名人名委员会和科技术语委员会,出版了很多科学名词中西双语辞典；在中国官办出版机构——江南制造局里工作的传教士也为科学名词统一做出了很大的贡献,他们在译著科学书籍的过程中总结出了自己的科学名词统一原则,并且出版了各个学科的名词中西双语辞典；除了有组织地完成中文科学名词统一工作,还有一些传教士个人也进行了此项工作,并取得了一定的成绩。在科研机构方面,传教士在上海创办了中国本土第一个科研机构——徐家汇天文台,不仅洋务运动时期的历任台长都具备很高的科学素养,而且在天文台工作的传教士们都专心致力于科学研究,他们观测和记录的数据为中国的天文学研究提供了重要的第一手资料而且影响了中国天文学的后续发展。总之,传教士对洋务运动时期中国科学建制的萌芽起到了催化作用,也做出了巨大贡献。