我国轨道交通工程具有资金量大、参与方广、技术复杂的特点,给利益相关者之间的组织协调带来挑战。本文尝试用协同学理论对EPC（Engineering Procurement Construction）总承包模式的轨道交通工程项目的组织结构协同程度进行分析,提出组织结构协同度提升的管理策略。首先,轨道交通工程的建设量逐年增加,对轨道交通工程管理组织结构研究具有必要性。城市轨道交通工程EPC项目的协同难点在于工程建设期长、工程变更流程复杂、人才紧缺、数字化程度低、利益分配机制不健全。本文尝试采用组织结构协同设计来解决现状不足。其次,组织结构的协同是提升管理的关键因素。组织协同设计需考虑施工技术、公司战略、组织规模和建设环境的动态性。工程项目组织结构是一个复杂开放的系统,系统内子系统、序参量相互作用,使复合系统向有序演化。组织结构的协同效应主要有经济利益和非经济利益的协同;工作流对关键业务管控和BIM技术的协同;信息源与流转节点的协同,以及自组织原理的微观、中观以及宏观的协同。第三,建立组织结构协同度的评价模型。应用模糊综合评判法建立了组织结构协同评价模型,对序参量、子系统和复合系统进行模糊测度,计算出复合系统协同度。基于过程变量中的权力分配、信息沟通、协调机制、过程管理4个子系统,构建了10个序参量和25个二级指标的管理协同度评价体系,通过问卷调查确定因素之间的权重。最后,本文以国内首条市域快线工程作为研究案例,将协同理论应用于组织结构协同度研究。通过问卷调研,主体结构阶段的参建方协同度最高,其次是机电施工阶段,最后是围护结构阶段。结果表明:1、复合系统的协同度受序参量和子系统共同影响,在同一阶段下,复合系统的协同度比单一系统协同度得分高。2、在自组织的演化下,复合系统的协同度不断提升,揭示了项目起步阶段、中期阶段和收尾阶段的组织协同度由低协同度到较协同再发展到高度协同的趋势。3、沟通渠道多样化、人员投入量、资金支付及时性、标准化应用对组织结构有序度有积极作用。4、在围护结构阶段过渡到主体结构阶段,协同度提升6%的情况下,投资完成效率提升了187.6%,证明在组织结构有序状态下,能提升参建方协同,对项目完成投资有积极作用。