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【目的】1.评估组织芯片技术结合免疫组化技术在大规模回顾性实验中的可行性。2.探讨结直肠癌CD133表达与临床病理指标及预后的关系。3.探讨结直肠癌BRAF蛋白表达、BRAF基因突变与临床病理学指标及预后的关系。【方法】1.第一部分：收集2004-2010年南京军区福州总医院手术切除经病理确诊且临床资料完整结直肠癌标本400例，构建组织芯片，采用组织芯片-免疫组化技术检测结直肠肠癌组织中BRAF/CD133蛋白的表达；并进行组织芯片与常规病理切片对比性研究。2.第二部分：采用EliVisionTMplus免疫组化染色方法分别检测CD133蛋白及BRAF蛋白在400例结直肠癌组织芯片标本中的表达，分析其与临床病理指标的相关性。3.第三部分：随机选取126例BRAF免疫组化阳性和20例阴性病例，采用直接测序法检测BRAF基因突变情况，分析其与临床病理指标及患者预后的关系。【结果】一、免疫组化结果1.阵列蜡块完整，无开裂现象，组织蜡芯整齐有序，无移位。经显微镜观察不存在无效组织，其着色的细胞为棕黄色，背景无着色。对于CD133和BRAF分别进行常规切片与组织芯片进行对比，发现两者符合率高达93%，Kappa系数分别为0.714，0.700，说明两者具有较高的符合率，无统计学意义（P＞0.05)。2.CD133的高表达与肿瘤分化程度、淋巴结转移等有明显相关性（P<0.05），而与病人年龄、性别、肿瘤部位、大小、分化程度、浸润深度均无明显相关性。Kaplan—Meier生存分析法显示，CD133低表达组3年生存率为93.6%，CD133高表达组3年生存率为76.8%，两者具有明显差异(P<0．O1)。3.376例结直肠癌组织中有226例（60.1%）BRAF阳性，其中BRAF高表达阳性表达率为38.8%。其与患者分化程度、及淋巴结转移具有相关性(P＜0.05)；而与年龄、肿瘤部位、大小、浸润深度不具有相关性（P＞0.05）；BRAF蛋白阳性患者生存率（82.6%）低于阴性患者（96.2%），但统计学上无显著差异，其表达水平亦与患者生存期无明显相关(P＞0．O5)；通过对CD133蛋白及BRAF蛋白进行Spearman相关性分析，发现两者具有一定的相关性（r=0.505）。二、基因突变检测结果结直肠癌中BRAF基因总突变率为8.9％(13/146），其突变与结肠癌的分期显著相关，具有统计学意义（P＜0.05）；BRAF基因突变与患者生存期具有相关性（P＜0.05）。【结论】1.组织微阵列技术在大规模多个样本中的研究是可行的，其结果可信。2.CD133在结肠直肠癌中表达显著升高，并与肿瘤低分化、淋巴结转移密切相关；且CD133可作为判断结直肠癌患者预后的指标，其表达水平越高，预后越差。3.BRAF强阳性表达与BRAF基因检测的结果间存在一定的不一致性，IHC可作为BRAF状态的初步筛查方法，但对于高表达的结直肠癌患者，特别对那些靶向治疗的候选患者，仍有必要应用直接测序法基因突变情况，为结直肠癌靶向药物的使用提供指导。