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本研究利用RAPD标记、AFLP标记对河南、湖南、四川、天津等部分地区收集的22份朝天椒自交系材料的亲缘关系进行分析。旨在从分子水平上评价我国部分地区朝天椒种质资源的遗传多样性,为杂种优势的利用提供依据,同时比较两种分子标记技术在评价朝天椒种质材料遗传多样性的有效性。主要结果如下:1. RAPD标记:所用32个引物均有多态性,共产生204个位点,其中104个等位位点有多态性,占50.98%,每个引物可扩增出3-10个位点,平均每个引物产生6.4个等位位点。32个引物的多态性信息含量中S55的PIC最高为0.8438,S37、S368的PIC最低为0.3200,平均PIC为0.6126。22份朝天椒材料在全基因组水平遗传距离(GD)分布范围在0.03850-0.60895之间。在遗传距离GD值0.35水平上,这些材料聚成了3大类,基本上反映了材料间的亲缘关系,表明RAPD标记能够用于朝天椒遗传多样性研究。2. AFLP标记:所用9对AFLP引物均有多态性,共产生724个位点。其中107个等位位点有多态性,占14.78%。每对引物可扩增出40-99个位点,平均每对引物产生80.4个等位位点。9对引物等位位点多态性信息含量中P01/M08的多态性信息含量最高为0.3994,P07/M03的PIC最低均为0.1556,平均PIC为0.2631。22份朝天椒材料的遗传距离(GD)分布范围在0.02777-0.67667之间。在遗传距离GD值水平上0.36,这些材料聚成了3大类,基本上反映了材料间的亲缘关系,表明AFLP标记适宜于朝天椒遗传多样性研究。3. AFLP标记和RAPD标记比较:AFLP标记产生的位点多态性百分率为14.78%,RAPD标记产生的位点多态性百分率为50.98%。AFLP标记平均每个引物产生80.4个等位位点,而RAPD标记平均每个引物产生6.4个等位位点。与RAPD标记相比较,AFLP标记能更有效地评价群体的遗传多样性。根据这两种分子标记实验结果所得到的聚类图,AFLP标记聚类图更加真实反映了22份朝天椒材料的亲缘关系。