行政机关负责人出庭应诉制度是《行政诉讼法》修改的一大亮点。虽然目前该项制度已经有了明确的法律依据,但是针对该制度仍有较为激烈的两级争议。作为一项带有中国特色的制度,在当前有其存在的社会土壤和内生性需求,它的确立有利于化解行政诉讼纠纷、树立法治政府形象、维护司法权威。因此,各地政府纷纷将推进行政机关负责人出庭作为依法行政的重要内容。文章对该制度实施两年来的现状进行了分析发现,该制度在实施中虽取得了一定的良好的效果。但行政机关负责人出庭应诉率仍然较低,行政机关消极应诉,出庭效果没有达到预设的效果。在立法和实践层面也暴露出诸多问题,例如相关司法解释不完善,审判程序容易因行政机关机关负责人未出庭而中断等。文章认为,为使行政首长出庭应诉制度的理论基础更加坚实,运行机制更加完善成熟,要完善司法解释,确立更加具体的内容,法院应完善相应的审判配套制度,行政机关应加强行政监督,还要优化媒体宣传效应。