中小企业板自2004年开设以来,发展速度令世人瞩目,截止2009年12月31日上市公司总数已经达到了328家。众所周知,中小企业是经济发展和社会稳定的重要支柱。要想拉动经济增长,势必要重视中小企业的发展。而研发投资是企业创新的重要源泉及生存发展的基础。因此促进中小企业平稳快速发展,就要引导中小企业增加研发投资,不断提高其创新能力。股权结构对公司治理效率的改善和经营绩效的提高起着非常重要的作用。随着企业研究与开发费用投入的不断提高,股权结构与研发支出逐渐成为理论界和实务界关注的焦点。论文从委托代理理论和股权制衡理论出发,通过对以前的文献进行梳理回顾,在国内外学者的研究基础上提出假设,以深圳证券交易所2007年—2009年611家披露研发支出的中小企业板上市公司为样本,利用统计软件SPSS17.0对股权结构对研发投资的关系进行统计描述与线性回归。最后,根据实证结论,提出相应的政策建议,为我国中小企业板上市公司治理结构的调整提供相关决策依据。文章采用定性分析和定量分析相结合的方法,把股权结构的分类为定性和定量两个维度,前者是终极控制人性质,后者是股权集中度和股权制衡度的量化指标,从这三个因素分别并综合探讨其对研发投资的影响。在某些程度上既可以深挖企业深层次的控制权理论、扩展相关的研究,又能够了解在不同性质的股权背景下,股权结构如何影响研发投资,以便根据控股股东选取不同的刺激方法推动研发投资来增加企业价值。经过理论研讨和实证分析,得出的结论如下：第一,就终极控制人性质方面而言,控制人性质不同,其对研发投资强度的影响也不同,国有控股上市公司的研发投资显著低于非国有控股上市公司。第二,就股权集中度而言,随着股权集中度的增加,研发投资表现为先上升再降低后上升的显著的“N”字型关系。相对于非国有控股上市公司来讲,国有控股公司的研发投资随着股权集中度的变化呈现出更大幅度的波动性。第三,就股权制衡度而言,其与研发投资之间存在不很显著的正相关关系。根据研究结论,建议适度进行国有股减持,鼓励竞争；利用不同性质上市公司的股权集中度的两个极值点,使股权集中度在在一定范围内波动；充分发挥股权制衡的治理作用等。