【摘 要】
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在蛋白质结晶学研究中,蛋白质晶体的形成需要蛋白质具有高的纯度和均一性。除了提高了蛋白质的纯度和均一性外,蛋白质具备的良好的热稳定性也可以促使蛋白质分子的构象呈现单一
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在蛋白质结晶学研究中,蛋白质晶体的形成需要蛋白质具有高的纯度和均一性。除了提高了蛋白质的纯度和均一性外,蛋白质具备的良好的热稳定性也可以促使蛋白质分子的构象呈现单一性和提高蛋白质晶体的分辨率。前期的研究证实向蛋白质中引入二硫键能增加蛋白质的稳定性。我们的研究基于以下两个重要的方面建立:一方面建立预测二硫键形成系统。我们首先利用PDB中已经解析的蛋白质结构和机器学习算法,设计一个预测二硫键形成的算法。另一方面通过优化系统的加权方式,提高预测二硫键形成的准确率,蛋白质的稳定性和晶体的分辨率。除此之外,将系统预测和设计的二硫键形成的突变引入通常作为G protein coupled receptor(GPCR)的融合蛋白的Cytochrome b562RIL(BRIL)和Flavodoxin蛋白质中,来检测我们的预测系统准确度。同时进一步通过分子动力学模拟实验和将系统应用到GLP-1R(glucagon-like peptide-1receptor)结构解析过程来证实我们的实验结果。我们的结果预测的准确率达到60%,并且相比野生型蛋白质,二硫键的引入增加蛋白质的稳定性,说明优化预测系统的加权方式对的二硫键形成起到作用。总的来说,我们设计出了能够高效预测二硫键形成的系统。结构构象熵值的变化是筛选出具有稳定蛋白质结构的突变的一个很好的指标。二硫键的引入可能会增加蛋白质的稳定性,也可能起到相反的作用。预测系统的加权方式需要进一步深入地优化,更加提高二硫键形成的准确率同时有效地增加蛋白质结构的稳定性。
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