通过刑法对涉税犯罪的严厉打击，能为政府的财政收入提供有效保障，使国家能够更好的对社会财富进行再分配。增值税在我国属于大税种，如果能够消除或是减少虚开增值税专用发票的犯罪行为，无异于为国库筑起一道坚实的壁垒。但是，我国的税制、税法发展从改革开放以后才正式起步，尤其是涉税刑事立法，更处在摸索前行的阶段。虚开增值税专用发票犯罪的历史较短，理论研究对于很多实践问题都无法形成统一的认识，给实际工作的开展带来了很多不必要的麻烦。本次研究的目的就是对虚开增值税专用发票罪在司法认定中的疑难问题进行分析和讨论，为了实现这一目标，将研究内容划分为五个组成部分：第一部分是绪论，主要包括研究目的和意义的介绍、文献综述、犯罪构成说明三项内容，不仅明确了虚开增值税专用发票司法认定疑难问题的解决对于实际工作的重要意义，也简单讨论了国内理论研究界以往的研究成果，为研究的有效进行发挥了铺垫的作用。第二部分是虚开增值税专用发票罪与逃避缴纳税款罪的区分，也是本次研究对于虚开增值税专用发票司法认定疑难问题讨论的开始，重点对如何认定、是否发生牵连的区分这两个问题进行了讨论。第三部分是“跨法犯”的定性。我国对于虚开增值税专用发票罪的立法经历了若干个发展阶段，这样一来，就不可避免的产生了跨法犯的问题，这一部分的研究内容主要是对当犯罪行为跨越不同立法阶段应如何进行司法认定进行讨论。第四部分是主要围绕能否同时处罚“让他人为自己虚开”和“为他人虚开”的行为进行研究。第五部分重点讨论了刑法第二百零五条第一、二款及相关司法解释的理解问题，文章在对以往的研究成果和学术界观点进行介绍的基础上，提出了自己的观点和认识。