家庭联产承包责任制极大地激发了农民生产的热情，解决了农民的温饱问题。随着市场经济的发展，小农户与大市场的矛盾越来越突出，如何使农户适应市场经济的发展，实现收入增加，破解三农问题成为政府和农民迫切关心的问题。农业生产的根本问题是生产力和生产关系的问题，当前的单家独户的农业生产方式难以适应生产力的发展。在家庭联产承包责任制的基础上实现同类生产者的联合，即农民专业合作社成为适应生产力和市场经济发展的农业生产组织形式。截止到2012年末，仅仅在国家工商总局注册的农民专业合作社就达到68.9万，在如此众多的合作社中，能人领办型合作社和企业领办型合作社在众多的合作社中成为亮点，占有很大的比重。本文首先对研究对象的定义及所采用的相关理论进行了阐述，并简单陈述了合作社及这两类合作社的发展状况，接下来本文从形成机理，组织运行以及绩效三个层次对两类合作社进行了比较。本文认为能人领办型合作社和企业领办型合作社的形成具有合理性和必然性；两类合作社各具特色和现实价值；两类合作社有着不同的适应条件和发展趋势。本文认为可以从以下几个方面采取措施促进这两类合作社的发展：政府对两类合作社制定有针对性的的支持政策；加强对两类合作社的外部监督；丰富两类合作社的服务内容，提高服务质量；实施品牌策略，提升两类合作社的核心竞争力。