基于5hmC-Seal表观遗传测序技术发现治疗糖尿病肾病的潜在药物靶点

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目的:本研究将采用5hmC-Seal测序技术,通过检测有无肾损伤的糖尿病患者血浆游离DNA(cf DNA)中表观遗传标志物的变化,发现治疗糖尿病肾病的潜在药物靶标以及实现糖尿病肾病的发生发展监测。方法:1)利用5hmC-Seal对血浆cf DNA的全基因组5hmC进行了分析,得到的差异5hmC标记基因与GEO数据集GSE30528和GSE30529中的差异表达基因进行交叉,确定为候选基因。接着对候选基因构建蛋白互作网络,利用算法鉴定出关键基因,最后通过构建糖尿病肾病小鼠模型验证关键蛋白表达情况。2)通过加权基因共表达网络(WGCNA)分析方法筛选关键差异羟甲基化lnc RNA,运用Starbase预测lnc RNA的靶向mi RNA,再通过Target Scan,mi RDB预测mi RNA的靶向m RNA,使用Metascape对m RNA进行富集分析,运用Cytoscape软件可视化内源竞争RNA调控网络。结果:1)通过生物信息学分析最终确定了5个关键基因(CTNNB1、MYD88、CD28、VCAM1、CD44),该5个基因能够较好的区分糖尿病肾病和糖尿病患者,并发现在糖尿病肾病小鼠肾组织中蛋白表达水平增加。2)WGCNA分析得到15个关键差异lnc RNA,再通过软件可预测出下游靶mi RNA的lnc RNA有两个,分别为LINC00863和LINC00641,然后将预测靶mi RNA的下游m RNA与糖尿病肾病转录组数据(GSE96804)结合验证得到246个靶m RNA水平,最后构建糖尿病肾病的lnc RNA-mi RNA-m RNA调节网络。结论:5hmC-Seal检测方法成功应用于糖尿病肾病患者血浆样本,改变的5hmC标记物被发现与糖尿病肾病密切相关,进一步的数据分析表明,这可能有助于基因调控。cf DNA的5hmC图谱可能作为一种非侵入性表观遗传工具来区分糖尿病肾病和监测糖尿病肾病进展,并为糖尿病肾病的发病机制探索提供了一定的基础。
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