XO:扩展ONIOM方法用于大分子体系的精确高效计算

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dna0716
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
量子化学模拟的一个发展方向是用越来越精确的方法处理越来越大的体系.但精确的量子化学方法限于严峻的计算标度,在大分子体系的应用中面临巨大障碍.组合方法(hybrid energy methods)是实践中研究复杂体系中反应性能的标准策略.Morokuma等人提出的ONIOM方法由于兼具技术上的简单性和应用上的灵活性,是量化程序包中集成度最高和应用领域最广泛的组合方法之一.但由于链接原子边界效应的影响太过显著,ONIOM方法计算结果极其依赖于用户的设置.另一方面,ONIOM方法虽允许系统性地改进计算精度,但往往需以明显增加计算量为代价.这些缺陷增加了用户在ONIOM计算中的盲目性,应用于大分子筛体系计算也存在诸多限制.与ONIOM方法不同,分子片方法较少受边界误差的影响.鉴于分子片方法与ONIOM方法实质的相通性,我们扩展了ONIOM方法的灵活性以突破其固有的缺陷,而没有牺牲其自身的简单性.本博士论文工作主要包括如下三个方面:   1.首次通过容斥原理将分子片方法与ONIOM方法结合起来,并据此提出扩展的ONIOM方法——XO.XO方法扩展了ONIOM方法在计算方案设计上的灵活性,子模型既能以ONIOM“洋葱皮”一样的形式组合,也能以分子片方法中部分重叠的方式划分.同时XO的任一子模型,既可使用同一水平的方法描述,也可用完全不同的方法来处理.XO方法给予用户在体系划分和计算方法组合上最大的自由度,能够针对性地设计出比单纯使用分子片方法或ONIOM方法精度更高效率更好的计算方案.从可模拟的性质而言,XO方法不仅适合处理传统的具有活性区域的体系,也可有效计算体系整体的性质,包括整个分子的几何构型,光谱频率以及热力学性质等.为了避免用户在组合方法计算上的随意性和减少对计算方案可靠程度的盲目性,我们提出多种定性规则用于指导XO计算方案的设计,并建议基于Force误差分析来定量地测试特定XO计算方案在几何构型优化和频率计算上的表现,同时基于能量误差分析来定量测试特定计算方案在能量计算和生成焓计算的表现.   2.利用XO计算中Force误差分布对构型变化不敏感的特性,我们发展了XO-ifc迭代优化算法,用于减少XO2构型优化所需要的步数,但不损失任何计算精度.特别地,对于X02(H:H)计算,配合IFC算法可以有效地得到全簇模型方法相一致的几何构型,从而达到XO方法所允许的精度上限.我们以分子筛为测试体系,对IFC算法进行详细的测试.结果表明,使用IFC算法加速的XO2(H:M)和X02(H:H)计算,其构型优化的收敛速度比标准优化方式提高约十倍,这极大地提升了XO2结构优化任务所能处理体系的大小.   3.为了发掘XO和XO-ifc方法在分子筛体系中的应用潜力,我们在B3LYP/6-31G**水平下,使用167 T簇模型(包含557个原子)研究了钛硅分子筛TS-1中Ti原子的落位,在B3LYP/6-311G**水平下,使用了124 T和126 T簇模型(分别包含416个原子和419个原子)研究了MOR分子筛的酸性位结构.对于TS-1分子筛体系,我们构建单一的大簇模型直接比较了各个T位的相对稳定性,避免使用多个小模型间接比较所受人为选择的影响.我们计算得出各Ti位热力学分布,首次合理地解释了最新的实验结果.对于MOR分子筛体系,我们得出的Al在四个T位取代的热力学相对稳定性与实验分析得出的分布完全一致,同时计算出的桥羟基振动频率无论质子的具体落位还是数值大小均与实验结果吻合一致.XO方法在分子筛体系的成功应用展示了XO计算策略的高效性和理论预言的可靠性,也同时预示了XO方法在实践应用中的巨大前景.  
其他文献
开栏语:当新观点、新知识、新信息牵着手闯进我们家门的时候,问题也跟着来了,有些问题我们自己苦思冥想,也不得其解,还是靠大家的智慧吧。“问题研究”就是给你一个自由的空
5月15日,“煤炭企业财苑论坛”2009年度预备会在北戴河召开,这次会议由开滦(集团)有限责任公司主办。参加会议的有:中煤能源集团、山西晋煤集团、山西阳煤集团、山西焦煤集团
针对大众传媒在高校音乐传播中作用进行分析,通过问卷调查的方式,了解了当前高校大学生是如何获取音乐信息的。结合这一内容,分析了大众传媒在高校音乐传播中的作用,并总结了
多铁材料同时具有自发的铁电有序和铁磁有序,并且铁电和铁磁可以互相耦合,这使得多铁材料在信息存储、自旋电子学以及多功能传感器件等方面有重要的潜在应用。目前大部分材料
In this work,nitric oxide(NO) release coatings designed for intravenous amperometric glucose sensors are optimized through the use of a polylactic acid(PLA) lay
楠丰9A是温州市农业科学研究院选育的中籼野败型三系不育系。该不育系不育性稳定,花粉败育率99.99%,典败率97.53%;柱头紫色,午前花占67.0%,柱头总外露率71.62%,其中双外露率3
含有金属-碳多重键的过渡金属配合物,如金属卡宾、金属卡拜等,具有独特的反应性和良好的催化活性,已经在许多重要的有机反应中得到了广泛应用,因此一直是金属有机化学研究的
大同煤矿集团阳方口矿业有限责任公司的前身为忻州市阳方口煤矿,1954年建矿,1998年改制为山西阳方口矿业(集团)有限责任公司,2003年12月参组大同煤矿集团。该公司位于山西省
在超级电容器的应用中,有机材料-导电高分子具有质量轻便、原料价格低廉、材料延展性能优良、掺杂状态下具有较高电导率、电荷储存能力强等优点。无机材料-金属氧化物/硫化物具有优良的贋电容性能,其理论比容量是导电高分子的数倍。因此,结合两种材料的优点,无机材料/导电高分子杂化材料在超级电容器中的应用研究是一个很有前景的研究方向。超级电容器的电化学性能与其电极材料的组分、结构形貌具有极大的关系,所以设计合适
作为新兴的荧光纳米材料,碳量子点(CDs)具有光稳定性好、发射波长和激发波长可调控等良好的光学性能,又兼备低毒性、生物相容性好等优点,在分析检测和生物成像等领域展现出广