随着电子商务在中国的飞速发展,电子商务模式不再仅仅局限于传统商务中低买高卖赚取差价的渠道B2C形式,逐渐发展出以搭建销售平台赚取平台服务费的平台B2C形式,并且渠道B2C与平台B2C渐有融合之势。同时物流服务逐渐成为制约电子商务企业发展的制约因素,一部分具有物流服务优势的电子商务企业除了满足自身业务外,还可向平台上的销售商家提供物流服务。如何解决这两种模式的平衡,并达到商流与物流之间的协调发展,成为电子商务行业所面临的普遍困扰。本文首先介绍了电子商务行业的相关理论,并重点分析了B2C电子商务运营模式以及商流与物流之间的联系与区别。然后提出了超网络研究方法,构建了商流网络与物流网络组成的电子商务超网络模型,该超网络由供应商、经销商以及消费者三层决策者组成。根据不同层次决策者所涉及的收入、费用进行分析,以各自利润最大化为目标,建立目标函数,以期达到商流网络与物流网络相互协调。引入变分不等式理论,将所有决策者最优目标函数化为变分不等式形式,并对得到的变分不等式实施改进后的投影算法,得到了超网络中各个个体决策者之间的最优交易价格与最优交易数量,以及通过不同物流渠道的商品数量。论文最后以亚马逊中国成都运营中心业务作为实例进行分析,并代入模型运用MATLAB软件编程计算,得到了商流与物流交易数量与交易价格,并由运算结果推出了各层次决策者之间最优交易数量与交易价格之间的变动关系,由运算表明了理论的可操作性和模型的合理性。