长链非编码RNA HCG4B拷贝数变异与COPD易感性和肺功能关联:病例-对照及家系研究

来源 :广州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhangwenda_gz
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本研究选取lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469作为研究目标CNV,通过广州、苏州两中心的大样本病例-对照研究分析其与COPD的关联,并分析其作用机制,以及采用COPD家系以及肺功能家系分析其遗传易感性,以为我国人群COPD发病预测提供遗传易感标志。  第一部分:lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469与COPD发病关联的病例-对照研究  研究目的:  探讨lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469与COPD发病关联。  研究方法:  在广州和苏州两个地区开展双中心的病例-对照研究。2002年2月至2011年6月间在广州、苏州地区的医院就诊患者和社区健康体检人群中收集COPD病例,以及按着性别、年龄分布频率一致原则,从同期社区健康体检人群中随机选取肺功能正常个体作为对照。所有研究对象签署知情同意书,并由专业调查员采用统一问卷以面对面随访方式完成人口学特征、环境危险因素等调查,并采集外周静脉血5ml用于提取DNA。TaqMan探针CNV分型技术检测nsv823469的基因型。  研究结果:  1.1 研究对象基本特征  病例对照研究:根据性别、年龄频率配比,广州人群共收集病例1025例、对照1061例,苏州人群共收集病例486例、对照616例,所收集COPD病例GOLD分级中,广州人群Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级组成百分比为35.0%、34.7%、21.2%、9.1%,苏州人群为43.8%、43.4%、11.1%、2.7%。病例对照间性别、年龄、饮酒分布无统计学差异(所有P>0.05)。病例中吸烟、生物燃料使用比例显著高于对照(二者P<0.05)。  1.2 nsv823469与COPD发病关联  在调整性别、年龄、吸烟、饮酒及生物燃料使用后,广州人群,0-copy仍呈显著降低COPD发病风险(OR=0.55,95%CI:0.42-0.72);而基因型1-copy关联无统计意义(OR=0.87,95%CI:0.71-1.08);采用相加遗传效应模型分析nsv823469对COPD的效应,其OR及95%CI为0.77(0.68-0.87)。苏州人群,0-copy同样显著降低COPD的发病风险(OR=0.53,95%CI:0.37-0.77),及1-copy效应无统计学意义(OR=0.89,95%CI:0.66-1.21),相加模型中nsv823469拷贝数丢失显著降低COPD发病风险(OR=0.76,95%CI:0.65-0.91)。将两人群合并进行分析,相加模型下0/1-copy基因型携带者COPD的发病风险降低了23%(OR=0.77,95%CI:0.69-0.85)。  研究结论:  LncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469拷贝数降低显著降低我国人群COPD的发病风险,其可能是影响我国人群COPD发病的一个重要生物标志。  第二部分:lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469与COPD家系关联研究  研究目的:  探讨nsv823469基因型在COPD家系间的遗传规律及其与COPD发病的关系。  研究方法:  采取家系为基础的关联研究方法,于2010年9月至2015年3月间收集COPD病例及其父母或同胞,COPD诊断标准同第一部分。所有研究对象签署知情同意书后,用问卷调查人口学特征和相关环境暴露因素,并采集外周静脉血5ml。TaqMan基因CNV分型技术检测nsv823469的基因型。FBAT(Family Base-Association Test)软件分析nsv823469与COPD的连锁关联,logistic回归分析其对COPD的影响。  研究结果:  2.1 家系基本情况  共收集COPD家系157个,共450人,核心家系90家,不完全家系67家;其中父母均参与、父母一方参与、父母均未参与三类核心家系各32个(104人)、36个(128人)、22(75人)。  2.2 COPD家系分析  nsv823469基因型0-copy、1-copy以及2-copy在家系成员间均有分布。FBAT分析,发现相加模型下,nsv823469基因型与COPD存在显著关联(Z=2.572,P=0.010);等位基因1型(0/1-copy)S-E<S>为9.917,表明0/1-copy更容易遗传给下一代。  研究结论:  nsv823469拷贝数缺失与COPD的遗传易感性相关,其拷贝数缺失可显著降低COPD低发病风险,该研究进一步说明nsv823469是COPD的一个重要易感标志。  第三部分:lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469与肺功能关联的家系研究  研究目的:  探讨nsv823469基因型在肺功能家系间的遗传规律及其对肺功能表型的作用。  研究方法:  运用家系为基础的关联研究方法,于2014年5月至2015年5月,通过常住居民年度健康体检项目收集肺功能家系。所有研究对象签署知情同意书后,问卷调查其人口学特征及相关环境暴露因素,并采集外周静脉血5ml。TaqMan基因CNV分型技术检测nsv823469的基因型。SAS9.3genetics模块的Family程序分析肺功能表型与nsv823469的关联情况。Kruskal-Wallis检验分析FEV1在nsv823469不同基因型分布差异。  研究结果:  2.1 家系基本情况  共收集肺功能家系391家,共987人;核心家系161家,不完全家系230家,其中父母均参与、父母一方参与、父母均未参与三类核心家系分别为101家(316人)、43家(141)和17家(60人)。  2.2 肺功能家系分析  nsv823469基因型0-copy、1-copy以及2-copy在肺功能家系中均有分布。不同基因型间FEV1(0-copy:2.69±0.85L,1-copy:2.35±0.81L,2-copy:2.34±0.81L,P=0.001)、FVC(0-copy:3.24±0.94L,1-copy:2.93±0.90L,2-copy:3.01±0.93L,P=0.012)、FEV1/FVC(0-copy:0.83±0.070,1-copy:0.79±0.09,2-copy:0.77±0.12,P<0.001)及FEV1/FEV1-predicted(0-copy:0.85±0.22,1-copy:0.79±0.16,2-copy:0.78±0.17,P<0.001)分布均存在统计差异。分析肺功能表型与nsv823469基因型的家系关联,结果显示FEV1与nsv823469基因型分布存在统计关联(Z=2.17,P=0.030)、而FVC(Z=1.91,P=0.056)、FEV1/FVC(Z=1.20,P=0.228)、FEV1/FEV1-predicted(Z=1.79,P=0.073)无统计关联。  研究结论:  nsv823469拷贝数缺失可能与肺功能FEV1的遗传易感性相关,该研究进一步支持nsv823469是COPD及肺功能的一个重要生物标志。  第四部分:lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469对HCG4B及相关基因表达影响分析  研究目的:  探讨lncRNA HCG4B拷贝数变异nsv823469影响HCG4B水平进而影响HLA-A表达介导COPD及肺功能易感性的可能机制。  研究方法:  于2010年6月至2014年6月从广州医科大学附属医院收集患者手术切除的正常肺组织。TaqMan探针CNV分型技术检测nsv823469的基因型。SYBR荧光定量PCR检测肺组织中HCG4B、HLA-H、HLA-A、HLA-F、HLA-G以及HLA-J的mRNA表达量。  研究结果:  1.1 肺组织nsv823469基因型与HCG4B表达关联  50例肺组织nsv823469基因型0-coy、1-copy及2-copy比例分别为14%、24%和62%,不同基因型HCG4B分布具有统计学差异(P=0.002)。在校正性别、年龄和吸烟后,nsv823469基因型与HCG4B显著正相关(r=0.315,P=0.031)。  1.2 nsv823469基因型与HLA-H、HLA-A、HLA-J、HLA-F和HLA-G表达关联  50例肺组织中,除HLA-A(P=0.043)外,HLA-H(P=0.950)、HLA-J(P=0.489)、HLA-F(P=0.219)和HLA-G(P=0.856)不同基因型表达量分布均无统计差异。在校正性别、年龄和吸烟后,nsv823469基因型与HLA-A呈正相关(r=0.296,P=0.044)。  研究结论:  nsv823469拷贝数缺失显著降低HCG4B水平进而影响HLA-A的表达水平,从而影响COPD发病及肺功能。  研究总结:  病例对照研究和家系研究表明长链非编码RNA HCG4B拷贝数变异nsv823469与我国人群COPD发病及肺功能有显著关联,其拷贝数丢失与COPD及FEV1在家系间存在传递不平衡现象,提示nsv823469拷贝数丢失可能是影响我国人群COPD及肺功能的遗传易感标志。
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