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本文采用聚合酶链式反应(PCR)技术对勒氏笛鲷、金焰笛鲷、红鳍笛鲷、紫红笛鲷、画眉笛鲷、星点笛鲷、约氏笛鲷、千年笛鲷和金带笛鲷的mtDNA的16SrRNA的部分基因片段进行了扩增。PCR产物纯化后经T载体连接进行克隆、测序，序列结果编辑后提交GenBank并获得序列登录号。比对后得到了有效长度为561bp的序列，A、T、G、C的含量平均为28.5％、22.2％、23.5％和25.8％，AT含量稍高于GC含量，9种笛鲷中碱基组成差异不大。利用MEGA软件检测到单碱基突变位点31个，变异位点68个，其中包括信息位点36个，在变异位点中69.23％的碱基替换是由于发生了转换，转换和颠换比为2.3。经过计算发现在9种笛鲷中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的亲缘关系最近，碱基差异为2.57％；而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的距离则明显较大，碱基差异达到了7.03％。利用测得序列分别构建了NJ和MP分子系统树，选用高体长棘鲷为外群发现两种方法构建的系统树基本一致：红鳍笛鲷和千年笛鲷首先聚在一起作为独立的一枝分化出来，紫红笛鲷和约氏笛鲷聚为一小枝后与其他5种聚在一起。总体来看除红鳍笛鲷和千年笛鲷较近外，其他物种间均保持了一定的遗传距离，没有非常近的现象，这也说明了在南海海域的这九种笛鲷仍保持了自己的遗传特性。
对勒氏笛鲷、金焰笛鲷、红鳍笛鲷、紫红笛鲷和画眉笛鲷的ITS-1区进行了扩增，纯化产物后转入T载体进行克隆和双向测序，将序列结果提交GenBank并获得序列号。各物种序列长度差异很大，最长的勒氏笛鲷的ITS-1长度为769bp，而金焰笛鲷仅为566bp，尽管长度差异很大，但是其碱基组成却没有很大的差别。A、T、G、C含量平均为14.6％、17.0％、29.4％和39.1％，GC含量远远超过AT含量。经过比对发现插入或缺失位点共201个，变异位点376个，其中信息位点为144个。在变异位点中48.23％的碱基替换是发生了转换。转换颠换比值为0.9，这一比值远远低于正常DNA序列的比值。根据双参数和单参数两种模型计算的5种笛鲷的碱基差异都很大，一般都在40％以上，勒氏笛鲷和金焰笛鲷碱基差异为0.2418，相对较小，红鳍笛鲷和紫红笛鲷最小为0.1880。使用鳜鱼为外群构建的NJ和MP系统树基本上一致：勒氏笛鲷和金焰笛鲷聚为一枝，红鳍笛鲷和紫红聚为一枝，而画眉笛鲷作为独立的一枝出现。这和利用相对保守的16SrRNA序列构建的系统树基本上一致。
此外，本文还利用SSCP技术对上述5种笛鲷进行了初步分析。使用通用引物L14841和H15149从总DNA中均扩增出约380bp的Cyt-b片段，利用PAGE电泳分别从勒氏笛鲷、金焰笛鲷、红鳍笛鲷、紫红笛鲷和画眉笛鲷中检出了2种、1种、2种、2种和4种基因型。在5种笛鲷中画眉笛鲷的遗传多样性最高，而金焰笛鲷的相对较小。