DNA甲基化在转录调控和染色质重塑中扮演着重要的角色,并参与发育、衰老和一些复杂疾病过程,任基因组范围内筛选差异甲基化区域对揭示表观遗传修饰在组织细胞分化过程的影响至关重要。为此,我们开发了在全基因组范围内筛选差异甲基化区域的方法,QDMR(Quantitative Differentially MethylatedRegions)。该方法利用改进后的香农信息熵对同一区域在各样本间的甲基化差异进行定量化,基于定量的甲基化差异,通过从甲基化概率模型中得到的阈值筛选差异甲基化区域。我们将ODMR应用到人工模拟的数据,结果显示改进后的熵能对八种可能的样本间甲基化的差异模式进行精确的定量化。当我们对人类16个组织中涵盖40437个基因组区域的甲基化谱应用QDMR进行样本间的甲基化差异定量化和差异甲基化区域筛选时,同样获得比较理想的结果,共识别出10651个组织间差异甲基化区域,其中4358个被先前的方法识别为非差异甲基化区域,功能富集分析显示这些区域相关的基因显著富集在细胞分化相关的功能中。此外,ODMR还可以通过本研究中定义的相对特异性测度区分出组织特异的低/高甲基化DMR。QDMR提供了一个有效方法用来高通量地识别参与表观遗传调控的功能元件。