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本论文根据公共数据库中的ESTs资源,并结合比较基因定位信息,分离了猪12号染色体上的两个新基因,并对其进行了物理定位以及表达谱和CDS分析,还对12号染色体上的另两个基因的多态位点与部分性状进行了初步的关联检测。主要取得了如下结果:
1.根据人17号染色体上的同源基因cDNA序列信息,从ESTs数据库(主要是GeneBank)中搜索猪的同源ESTs,用DNAStar软件包中的seqMman程序将获得的ESTs拼接成连接群(contig),设计特异引物,从猪基因组中分离出PITPNA和PRPSAP1基因片段。
2.采用电子克隆策略,获得了PITPNA和PRPSAP1基因的全长CDS序列,推导出了相应的氨基酸序列。将推导出的氨基酸序列与其它物种的对应序列进行同源性比较,发现猪的PITPNA和PRPSAP1基因编码的氨基酸序列与人的相应基因编码的氨基酸序列同源性分别高达99％和98％。
3.采用猪×啮齿类体细胞杂种板将新分离的两个基因进行染色体区域定位,具体定位结果如下:PITPNA基因被定位于SSC12 q11-q15(P=0.9711),与该区域标记间的相关系数为r=0.9035；PRPSAP1基因被定位于SSC12 p11-(2/3 p13),P=0.8901,r=1.000。
4.采用猪×仓鼠辐射杂种板将新分离的两个基因进行染色体精细定位,具体定位结果如下:PITPNA基因与S0106紧密连锁,LOD值为5.99；PRPSAP1基因与S0143和SW2494紧密连锁,LOD值分别为10.09和8.38。
5.采用半定量RT-PCR方法检测了PITPNA基因在成年长白猪的7种组织和PRPSAP1基因在成年湖北白猪6种组织中的表达情况。结果表明:PRPSAP1基因在心脏中表达较低,在所检测的其他组织中均表达,且表达量无明显差异；而PITPNA基因除脂肪组织以外在检测的其它组织中均可表达,表达量差异不明显。
6.采用PCR-RFLP方法检测了FDXR基因和PSME3基因两个位点的多态性,并以本实验室与通城县畜牧局、种畜场合作建立的有性状记录和DNA样的试验群体为材料,分析了这两个基因的SNP多态位点与部分肉质、生长和胴体性状的关联情况。结果发现:①PSME3基因的第182突变位点的不同基因型个体的臀膘厚(Backfat at the rump)差异极显著(P<0.01),肉色(Loin colour)和大理石纹(Marblingscore)差异显著(P<0.05)。②PSME3基因的第182突变位点的GG基因型个体与AG基因型个体的臀膘厚差异极显著(P<0.01)；AA基因型个体与AG基因型个体的大理石纹差异极显著(P<0.01)；AA基因型个体与AG基因型个体胸腰结合处膘厚(Backfat at the loin)、GG基因型个体与AG基因型个体的平均背膘厚(Averagebackfat thickness)、GG基因型个体与AG基因型个体的肌肉颜色,AA基因型个体与AG基因型个体的大理石纹差异显著(P<0.05)。③FDXR基因的第562突变位点不同基因型个体的眼肌面积(LMA)差异显著(P<0.05)。