近年来，公共卫生事件严重威胁人民的生命与健康，困扰人类社会的发展。口岸是一个国家对外开放的门户，人员、交通工具及货物等流动频繁。正确处理发生于口岸的公共卫生突发事件是政府相关组织机构的责任和义务。深圳有海陆空全方位的开放口岸，人员或货物的流通量居全国之首，显具代表性。在确立研究的必要性的基础上，本文粗略回顾了国际公共卫生历史，进行了以下几方面的工作： (1)综述相关领域的文献理论； (2)以典型实证及分析揭示现行体制的缺陷或弊端； (3)提出了口岸公共卫生政策定位问题； (4)创新体制的思路，正确应对口岸公共卫生突发事件。 通过分析现行的政府组织的相关策略、法律法规、管理体制等，指出了现实存在的公共管理上缺陷和不足，试图寻求合乎时代发展要求的现代口岸公共卫生突发事件应对的管理模式。提出处置口岸公共卫生事件是专业化的，不宜应用行政体制取代，且应当归于属地公共卫生组织统一管理，以利于资源的优化。用行政方法不仅解决不好专业化的公共卫生服务问题，且有碍于口岸公共卫生事业的革新与发展，但口岸公共卫生事件的处理又决不会是单一的预防医学事务，它是综合性的政府管理工作，因此，应当疏理清楚行政与专业化工作各自的职能。初步得出的结论是必须改变目前以行政科层制组织应对突发口岸公共卫生事件的组织管理模式。建立科学的、符合现代和未来发展需要的组织体制和运行机制是我们应对突发口岸公共卫生事件根本保证。