我国现行农村集体建设用地使用权流转制度并非在建立市场经济的过程中自发形成的，而是在城市化和工业化的进程中，国家为了实现社会资源的集中而建构的一项特殊制度安排。随着市场经济体制的建立和完善，社会资源由国家向社会的回归，现行农村集体建设用地使用权流转制度的缺陷已严重地阻碍了农村经济的发展，日益成为后续改革的制约因素。农村土地产权制度不完善，权利缺乏有效的私权保护，农村集体建设用地使用权流转无法通过市场实现是其症结所在。改革农村集体建设用地使用权流转制度，建立农村集体建设用地使用权市场流转制度，打破城乡二元用地制度，实现统一的土地使用权流转制度，不仅是农村经济发展的迫切需要，而且也是社会主义市场经济体系完善的必然要求，同是也是有效规范土地隐性流转的必然选择。农村集体建设用地使用权流转制度改革虽然更多体现为一个法律课题，但它又是一个涉及政治、经济、社会、意识等各种因素的问题，所以，对这一课题的研究不应局限于法律的视野，而应从多学科的视域入手，才能得出科学的结论。本文主要运用法学的方法，同时参酌经济分析、实证分析等基本方法展开研究，试图揭示农村集体建设用地使用权流转制度的实质，并在此基础上提出完善农村集体建设用地使用权流转制度的思路。全文共分6个部分：第一部分：“农村集体建设用地使用权流转制度界说”。本部分作为全文的概念支撑体系，主要对农村集体建设用地、农村集体建设用地使用权、农村集体建设用地使用权流转、农村集体建设用地使用权流转制度等范畴进行了界定。第二部分：“农村集体建设用地使用权流转制度的基本理论——农村土地产权理论”。本部分主要运用制度经济学和法律经济学探讨了农村集体建设用地使用权流转制度产生、运行、变迁的内在动因，并在此基础上论述了“农村土地产权理论”，来构造全文研究的理论起点和逻辑基础。第三部分：“我国现行农村集体建设用地使用权流转制度剖析”。本部分首先介绍了农村集体建设用地使用权流转的现状和流转制度的现状；其次，在对现行农村集体建设用地使用权流转制度的时空性简要回顾的基础上，对农村集体建设用地使用权流转制度的现实弊端进行了论述；最后，对现行农村集体建设用地使用权流转制度弊端形成的原因进行了分析，为农村集体建设用地使用权流转制度的进一步研究和流转制度的市场化变革提供了历史的依据和现实的基础。第四部分：“农村集体建设用地使用权流转制度变革的必然性与可行性分析”。本部分基于新制度经济学关于制度变迁和制度创新的理论，并结合我国部分地区农村集体建设用地使用权流转制度市场化变革的实践经验，从内在机理和外在动因方面，详细地分析了农村集体建设用地使用权流转市场化变革的必然性与可行性，并在此基础上提出了农村集体建设用地使用权流转市场化改革的具体模式。第五部分：“我国农村集体建设用地使用权市场流转制度建立的障碍分析”。鉴于一项新制度的形成会受到诸多因素的影响，特别是要受到现存法律和制度安排的影响，因此，本部分详细分析了目前影响农村集体建设用地使用权流转制度市场化改革的主要法律障碍，包括产权制度残缺、征地制度缺陷和农村社会保障制度不完善等方面的障碍。第六部分：“建立和完善农村集体建设用地使用权市场流转制度的具体构想”。作为全文的逻辑回归点，本部分运用上文分析得出的结论，对如何建立和完善农村集体建设用地使用权市场流转制度提出了较为系统的制度设计。