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川西獐芽菜是一种珍贵高原藏药,主治肝胆病,有利尿,清热解毒等功效,具有重要的药用价值。苛刻的生长条件和人类的大量采摘,使得其野生资源几近枯竭。对于川西獐芽菜已开展多方面研究,但关于川西獐芽菜土壤微生物的研究却尚属鲜见。本研究以青海省玉树藏族自治州仲达县,歇武镇,称多县,四川省阿坝藏族羌族自治州金川县共四个地区的20株川西獐芽菜及其三个不同深度土层(0-20 cm,20-40 cm,40-60 cm)共59个土壤样品为研究对象,利用二代测序技术进行土壤细菌16S rDNA测序,比较了不同深度土层及不同地区土壤细菌群落结构和多样性(丰富度,多样性,均匀度)指数,辨析了不同地区的差异菌群;测定并对比了不同地区土壤pH、含水量、有机质、全氮、磷和钾等土壤常规成分以及铁、铅、镉、镍、铬和铜等重金属成分和植物性状包括表型(株高,开花数,主茎节间长度)以及有效成分(龙胆苦苷,獐芽菜苦苷,芒果苷)的差异;探讨了土壤细菌-土壤成分-植物性状的相关关系。研究结果如下:1.川西獐芽菜土壤细菌多样性指数和群落结构。(1)共获得4379个细菌OTU,门39个,纲116个,目156个,科180个,属213个。青海地区细菌丰富度显著高于四川地区(P<0.05),均匀度和多样性差异不显著(P>0.05);(2)同一地区不同深度土层间细菌群落多样性,均匀度,丰富度均不存在显著差异(P>0.05);(3)四川地区绿弯菌门,放线菌纲,厌氧绳菌纲和慢生根瘤菌属相对含量显著高于青海地区(P<0.05),青海地区芽单胞菌门,嗜热油菌纲,芽单胞菌纲,酸微菌目和Kaistobacter属相对含量显著高于四川地区(P<0.05)。2.土壤特征成分和植物性状。(1)同一地区不同土层间各土壤成分差异不显著(P>0.05)。四川地区土壤含水量、有机质、铁和铅含量显著高于青海地区,土壤钾、铜、镍含量显著低于青海地区(P<0.05),土壤pH、全氮、磷、镉和铬含量不存在显著差异(P>0.05);(2)四川地区株高和开花数,有效成分含量均显著高于青海地区(P<0.05),主茎节间长度差异不显著(P>0.05)。3.土壤细菌-土壤成分-植物性状相关关系。(1)土壤细菌丰富度与土壤含水量和有机质含量呈负相关关系,与海拔呈正相关关系。菌群差异与土壤成分含量的差异有关,其中,芽单胞菌门、放线菌纲分别与土壤含水量之间存在显著负相关和正相关关系,绿弯菌门、芽单胞菌纲、厌氧绳菌纲及Kaistobacter属含量分别与土壤铁、钾、铅和铜显著正相关。冗余分析表明,细菌群落结构随土壤全氮、磷、铅以及钾、镍和海拔变化显著变化,是影响细菌群落结构的关键环境因子。VPA分析表明,土壤成分对细菌结构解释度为45.61%,其中土壤常规成分解释度(34.47%)>重金属(11.14%);(2)植物性状受到菌群结构和土壤成分综合调控,调控程度为:菌群结构>土壤成分。绿弯菌门,芽单胞菌门,厌氧绳菌纲等不同层次的菌群是影响植物性状的关键菌群,土壤含水量,有机质和铁,铜等重金属成分是影响植物性状的关键土壤成分。综上,川西獐芽菜土壤微生物在四川和青海地区存在差异,并与土壤成分,表型和有效成分相互影响。本研究对今后川西獐芽菜自然品种的选育,人工栽培条件的创设,以及克服野生资源匮乏等生态问题有一定的指导作用。