大都市圈是一国社会和经济最为发达的地区,大都市圈的发达程度也是衡量一个国家或地区社会经济发展水平的重要标志。我国目前重点发展的大都市圈有三个,即包括被戈特曼称为“世界第六大都市圈”的长三角大都市圈、珠三角大都市圈和京津冀大都市圈。这三大都市圈不仅是一体化程度较高的区域性经济体,也是我国经济发展和社会进步的支撑和动力。在大都市圈创新体系建设的过程中,必须把握大都市圈创新体系同区域创新体系的不同之处:即大都市圈创新资源的集聚性,及大都市圈创新体系同行政边界的特殊关系。在大都市圈内部,处于不同行政区划下的创新主体有密切的联系和交流。要实现大都市圈开放性的创新体系,创新资源和基础设施的完备和统一市场是必不可少的。但是,目前我国三大都市圈普遍存在着要素流通不畅、资源配置效率不高等问题,严重影响了大都市圈创新体系的效率,阻碍了大都市圈创新能力的提升。因此,如何实现大都市圈在跨行政区划的现状下创新资源的优化配置就成为亟待解决的问题。本文结合大都市圈创新体系的特点和国外大都市圈创新体系建设的经验,提出了大都市圈创新要素的组成定义,将创新人才、创新技术及创新支持资金作为大都市圈的直接创新要素。在此基础上,分析了我国三大都市圈创新要素配置的现状。在区域经济学和系统工程学相关理论的基础上提出了大都市圈创新要素的整合模型,并对模型进行了经济分析,指出创新要素在大都市圈内部形成自由的循环流通链是实现大都市圈经济增长的重要环节。而通过对创新要素整合过程的合作博弈分析,本文发现大都市圈内部创新要素自由流通的关键在于合理有效的合作机制的形成,即建立有效的利益协调机制保证大都市圈各成员城市真正参与到大都市圈的要素统一市场的建设中来。例如建立跨行政区域管理协调机构,对区域内基础设施建设、资源流动等重大问题进行统一规划和实施,并负责对大都市圈各成员城市提供足够的激励,满足其个体理性的同时,获得创新要素整合的大都市圈整体利益。最后,结合我国三大都市圈的特点,及创新要素整合的要求,提出了大都市圈创新要素整合的对策和建议。