Hsa_circ_0071106、hsa-miR-607和lncRNA TUG1对2型糖尿病的影响及功能预测

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目的本研究通过circBank、starBase和circIteractome等生物信息学数据库在线预测与hsa_circ_0071106(课题组前期基因芯片和人群验证所得)相互作用的miRNA,并通过实时荧光定量PCR检测相关miRNA在2型糖尿病与对照的差异表达。随后,对有关联的miRNA通过starBase和Diana-lncRNABase生物信息学预测相互作用的lncRNA,结合文献筛选与2型糖尿病有关的lncRNA,通过qRT-PCR检验筛选的lncRNA在2型糖尿病和对照表达的差异。运用ROC曲线探讨hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA单独和联合诊断价值,并通过中介效应分析它们之间对糖尿病影响的相互作用。最后通过miRNA靶基因功能富集,预测它们对2型糖尿病影响可能的功能通路,为2型糖尿病的机制研究提供科学依据。方法本研究采用了个体匹配的病例对照研究设计。2019年,在健康筛查基础上选取广州市花都区5个社区人群中的2型糖尿病患者作为病例,纳入标准为空腹血糖≥7.0mmol/L和/或口服葡萄糖耐量试验2小时血糖≥11.1mmol/L和/或经县级以上医院诊断为2型糖尿病,按照性别相同和年龄相差不超5岁的原则从同一居住区抽取空腹血糖<7.0mmol/L,且口服葡萄糖耐量试验2小时血糖<11.1mmol/L且无糖尿病史的人群为对照组。采用流行病学问卷调查人口学资料、吸烟和饮酒状况以及既往史等信息,测量血压以及抽取空腹外周静脉血。结合生物信息学预测结果及既往文献,选择与hsa_circ_0071106相互作用的miRNA和与miRNA相互作用的lncRNA,利用实时荧光定量PCR的方法验证hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA在2型糖尿病和对照的差异表达。运用ROC曲线评估hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA单独和联合诊断价值。采用多因素条件logistic回归分析hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA对2型糖尿病患病风险的影响。采用中介效应分析hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA对2型糖尿病影响的相互作用关系。采用GO富集分析和KEGG通路富集分析预测miRNA靶基因对2型糖尿病影响可能的功能通路。最后采用相关分析探讨hsa_circ_0071106、目标miRNA和lncRNA与临床生化指标之间的相关性。结果1、本研究通过circBank、starBase和circIteractome等数据库在线预测hsa_circ_0071106相互作用的miRNA,并通过Cytoscape软件绘成网络图来描述它们之间的关系,三个数据库预测的miRNA有hsa-miR-1206、hsa-miR-607、hsa-miR-450b-3p、hsa-miR-556-5p、hsa-miR-409-3p、hsa-miR-3690和hsa-miR-29a-5p等。2、共纳入病例和对照各101例。通过qRT-PCR检测2型糖尿病病例和对照外周血中hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607、hsa-miR-409-3p和hsa-miR-3690的相对表达,发现hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607和hsa-miR-3690在糖尿病组外周血中表达明显高于对照组,同时调整年龄、性别、吸烟、饮酒、TG、TC和LDL-C后,多因素条件logistic回归结果显示,hsa-miR-29a-5p高表达是影响2型糖尿病的危险因素(OR=10.28,95%CI:1.95~54.10,P=0.018);hsa-miR-607高表达患2型糖尿病风险是低表达的5.17倍(95%CI:1.48~18.09,P=0.012);hsa-miR-3690高表达患2型糖尿病风险是低表达的26.88倍(95%CI:2.65~272.87,P=0.030)。3、本研究通过starBase和Diana-lncRNABase等数据库在线预测hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607和hsa-miR-3690相互作用的lncRNA,并通过韦恩图取交集发现hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607和hsa-miR-3690相互作用的lncRNA有lncRNA TUG1、lncRNA MALTA1和lncRNA MEG3等27个。4、本研究通过qRT-PCR检测2型糖尿病病例和对照外周血中lncRNA TUG1、lncRNA MALTA1和lncRNA MEG3的相对表达,发现lncRNA TUG1和lncRNA MEG3在糖尿病组外周血中表达明显高于对照组,调整年龄、性别、吸烟、饮酒、TG、TC和LDL-C后结果显示,lncRNA MEG3高表达是影响2型糖尿病的危险因素(OR=5.75,95%CI:1.55~21.36,P=0.014);lncRNA TUG1高表达患2型糖尿病风险是低表达的5.98倍(95%CI:1.62~22.10,P=0.014)。5、本研究采用ROC曲线评估hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607、hsa-miR-3690、lncRNA MEG3、lncRNA TUG1和hsa_circ_0071106在2型糖尿病中的诊断价值,发现外周血lncRNA TUG1表达水平诊断2型糖尿病时曲线下面积为0.642(95%CI:0.549~0.735),灵敏度是63.4%,特异度是97.0%;hsa-miR-607、lncRNA TUG1和hsa_circ_0071106的联合诊断ROC曲线下面积为0.763(95%CI:0.682~0.844),灵敏度为74.3%,特异度为97.0%。6、本研究采用中介分析发现hsa_circ_0071106和hsa-miR-607对2型糖尿病的影响主要归因于单纯中介效应(超额相对危险度=0.34,95%CI:-0.03~0.66,P=0.031);lncRNA TUG1和hsa-miR-607对2型糖尿病的影响主要归因于单纯中介效应(超额相对危险度=0.32,95%CI:0.03~0.61,P=0.030);hsa_circ_0071106和lncRNA TUG1对2型糖尿病的影响主要归因于单纯中介效应(超额相对危险度=0.32,95%CI:0.04~0.60,P=0.026);lncRNA MEG3和hsa-miR-29a-5p对2型糖尿病的影响主要归因于单纯中介效应(超额相对危险度=0.36,95%CI:0.04~0.68,P=0.025);lncRNA MEG3和hsa-miR-3690对2型糖尿病的影响主要归因于单纯中介效应(超额相对危险度=0.28,95%CI:0.01~0.55,P=0.046)。7、本研究通过starBase、miRwalk、miRDB和Targetscan等数据库对hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607和hsa-miR-3690进行生物信息学靶基因在线预测,并使用韦恩图得到交集,其中,hsa-miR-29a-5p的靶基因交集有122个,hsa-miR-607的靶基因交集有352个,hsa-miR-3690预测的靶基因交集有116个。GO功能富集分析发现hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607和hsa-miR-3690可能在细胞质或细胞核中蛋白质结合、ATP结合等元件上参与DNA模板转录、RNA聚合酶II启动子转录调控等生物过程;KEGG通路富集分析发现可能参与胰岛素抵抗、Fox O和AMPK信号通路等。8、本研究采用相关分析发现hsa-miR-3690与SBP呈正相关(rs=0.19,P=0.008);hsa-miR-29a-5p与LDL-C有正相关关系(rs=0.17,P=0.037);hsa-miR-607与LDL-C呈正相关关系(rs=0.27,P<0.001),与HDL-C则负相关(rs=-0.17,P=0.040)。结论本研究发现hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-607、hsa-miR-3690、lncRNA MEG3、lncRNA TUG1和hsa_circ_0071106与2型糖尿病发病风险有关联。lncRNA TUG1和hsa_circ_0071106通过hsa-miR-607的中介作用来调控2型糖尿病,hsa_circ_0071106通过lncRNA TUG1中介作用调控2型糖尿病,lncRNA MEG3通过中介hsa-miR-29a-5p和hsa-miR-3690影响2型糖尿病。它们可能在细胞质或细胞核中蛋白质结合、ATP结合等元件上的调控DNA模板转录以及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录等过程,参与胰岛素抵抗、Fox O和AMPK信号通路等2型糖尿病调控信号通路。lncRNA TUG1、hsa-miR-607和hsa_circ_0071106联合诊断2型糖尿病价值更高。
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